Και πάλι στο στόχαστρο του τουρκικού Τύπου η Αγιά Σοφιά. Σε ένα μεγάλο αφιέρωμα της τουρκικής εφημερίδας, Yeni Şafak, που επικαλείται το μυθιστόρημα του Dan Brown, «Κόλαση», υποστηρίζει ότι το χριστιανικό σύμβολο της ανατολικής Ορθοδοξίας είναι έργο μασόνων και είναι γεμάτο από αμέτρητα σύμβολα που ακόμα δεν έχουν εξερευνηθεί.
Μάλιστα αναφέρει χαρακτηριστικά ότι όπου και αν ακουμπήσει κανείς μέσα στον ναό, θα εμφανιστεί και κάποιο καινούργιο... ύποπτο σύμβολο. Χαρακτηριστικό είναι πως επιδεικνύουν ένα σύμβολο σε κάποιο μέρος του ναού με την ονομασία, «Hayat Ağacı», δηλαδή, «Δέντρο της Ζωής» και το οποίο το αποδίδουν σε μασόνους σταυροφόρους που είχαν έρθει για ενα διάστημα στην .
Σύμφωνα με τον Τούρκο ερευνητή της , Göksel Gülensoy, αυτοί που κατασκεύασαν την Αγία Σοφία ήταν... μελη μυστηριωδών μυστικών εταιρειών και για τον λόγο αυτό την γέμισαν με παγανιστικά δαιμονικά σύμβολα που πολλά από αυτά είναι ακόμα κρυμμένα στο εσωτερικό του ναού. Παράλληλα υποστηρίζει ότι ακόμα και οι πέτρες του ναού κρύβουν ένα μεγάλο και... επικίνδυνο μυστήριο που υποκρύπτει και απειλή για τους πιστούς, (μουσουλμάνους), ενώ υποκρύπτουν δαιμονικές ενέργειες.
Το αποκορύφωμα όπως ισχυρίζονται, όλων αυτών των ισχυρισμών, που δείχνουν και κάποιο υποκρυπτόμενο τρόμο για έσχατα γεγονότα, είναι και ο Άγγελος της , που αποκαλύφτηκε για πρώτη φορά το 1847 όταν ο σουλτάνος Αμπντούλμετζίτ είχε καλέσει τον Ιταλό αρχιτέκτονα, Gaspare Fossati, να ανακαινίσει μέρος του τρούλου. Ενώ χαρακτηρίζουν τον Ιταλό αρχιτέκτονα σαν μεγάλο μασόνο, όπως το ανέφερε ο Τούρκος ερευνητής Erhan Altunay, αποδίδουν και τον Άγγελο της Αγίας Σοφίας σε μασονικό σύμβολο που κρύβει εσχατολογικά μηνύματα.
Φτάνουν και στο σημείο να υποστηρίζουν ότι ο ναός έχει πολλά ειδωλολατρικά σύμβολα, όπως το σύμβολο του Ποσειδώνος, (που το συγχέουν με κάποιο Άγιο), ακόμα και σύμβολα ειδωλολατρικών τελετών που... «μολύνουν' τον χώρο του ναού.