Σε σύγκρουση με την Εκκλησία οδηγείται η κυβέρνηση μετά την απόφασή της να μην επιτρέπει την είσοδο ανεμβολίαστων ή όσων δεν έχουν rapid-test στους ναούς.
Σε αντίθεση με όσα ανέφερε στην εγκύκλιό της η Σύνοδος η οποία ζητούσε "πατρικώς" να εμβολιαστούν στο μήνυμά του ο πρωθυπουργός κ. Μητσοτάκης ξεκαθάρισε: "Oσον αφορά τις λειτουργίες στις εκκλησίες, επαναλαμβάνω ότι οι πιστοί που δεν θα έχουν εμβολιαστεί θα πρέπει να προσκομίζουν αρνητικό εργαστηριακό τεστ. Αυτό, άλλωστε, προβλέπει και η εγκύκλιος της Ιεράς Συνόδου την οποία καλούνται τώρα να επιτηρούν οι φορείς της αλλά και, δειγματοληπτικά, η Πολιτεία'. Η εξέλιξη αυτή προβληματίζει τους ιεράρχες οι οποίοι μέχρι τώρα επέβαλαν υποχρεωτικό εμβολιασμό ή rapid-test για τους ιερείς , τους ψάλτες , τους επιτρόπους και τους νεωκόρους.
Ενώ, δήλωναν αντίθετοι στο να γίνονται έλεγχοι στις εισόδους των ναών τους πιστούς όπως γίνεται και στα καταστήματα εστίασης.
Κατά το παρελθόν ο εκπρόσωπος τύπου της Συνόδου είχε δηλώσει ότι "δεν θα πραγματοποιούνται έλεγχοι στις εισόδους των εκκλησιών για να διαπιστωθεί αν οι πιστοί έχουν κάνει rapid test σύμφωνα με τον εκπρόσωπο της ΔΙΣ Μητροπολίτη Θεσσαλιώτιδος Τιμόθεο Άνθη, προέτρεψε όμως όλους όσοι θέλουν να πάνε στους ναούς να προχωρήσουν σε διαγνωστικό τεστ «επιδεικνύοντας ατομική ευθύνη και σεβασμό και αγάπη προς τον συνάνθρωπο».
Προς το παρόν υπέρ της απαγόρευσης της εισόδου έχει ταχθεί ο μητροπολίτης Δωδώνης κ. Χρυσόστομος ο οποίος έχει δηλώσει ότι "πρέπει να υπάρξει απαγορευτικό εισόδου στους ναούς, στους πιστούς που δεν έχουν κάνει το εμβόλιο, αλλά θα πρέπει να ξεκινήσουμε από τους παπάδες. Θα πρέπει με μια απόφαση, δυο γραμμών, να προβλέπεται ότι όποιος μισθοδοτείται καθ’ οιονδήποτε τρόπο από το κράτος θα είναι υποχρεωμένος να εμβολιαστεί. Εάν δεν το κάνει να του κόψουν τον μισθό".
Το μεγάλο πρόβλημα που θα προκύψει είναι με το ποιος και πως θα ελέγχει τα πιστοποιητικά και πως θα αντιδράσει σε περίπτωση που κάποιος αρνηθεί να πειθαρχήσει . Αξίζει να σημειωθεί ότι πολλοί ανεμβολίαστοι ανήκουν στις τάξεις της Εκκλησίας και δεν είναι μόνο απλοί πιστοί. Στα περισσότερα μοναστήρια αλλά και το Άγιον Όρος οι εμβολιασμοί δεν προχωρούν με ικανοποιητικούς ρυθμούς πατά τις εκκλήσεις των Ιεραρχών .