Βρίσκεται σε απόσταση περίπου 63 χιλιόμετρα δυτικά τής Καστοριάς, πολύ κοντά στα Ελληνοαλβανικά σύνορα, στην περιοχή τού Γράμμου, μέσα σε μία γραφική κοιλάδα, σε υψόμετρο 1200 μέτρων και πολύ κοντά στο ερειπωμένο πλέον χωριό του Αγίου Ζαχαρία.
Το μοναστήρι βρίσκεται περίπου 7 οδικά χιλιόμετρα βορειότερα από τον παλιό οικισμό του Λινοτοπίου , μέσα σε ένα ξέφωτο του βουνού, κοντά στις όχθες του Αλιάκμονα.
Αρχικά ήταν Μοναστήρι που αργότερα σε κοντινή απόσταση και περιμετρικά από αυτό δημιουργήθηκε ο ομώνυμος οικισμός του Αγίου Ζαχαρία ο οποίος είχε στα 1928, σύμφωνα με την επίσημη απογραφή, 31 κατοίκους αλλά στον 2ο παγκόσμιο πόλεμο εγκαταλείφθηκε τελείως.
Ο Ναός ο οποίος και έχει ανακηρυχθεί Ιστορικό Διατηρητέο Μνημείο είναι μονόχωρος, καμαροσκέπαστος ναός με τρούλο και εξωτερικά σταυροειδής εγγεγραμμένος ενώ ο νάρθηκας στα Δυτικά τού ναού φαίνεται να είναι πιθανόν μία μεταγενέστερη κατασκευή, περίπου τού 1921, ο οποίος είναι όλος πετρόχτιστος και σκεπασμένος στην στέγη του με ωραίους και εντυπωσιακούς σχιστόλιθους.
Πρόκειται για μεταβυζαντινό μοναστήρι που χτίστηκε στα τέλη του 16ου αιώνα στο Δήμο Νεστορίου πάνω στο Γράμμο κοντά σε οικισμό που έφερε το ίδιο όνομα και καταστράφηκε από τους Τούρκους το 1769 κατά τα Ορλωφικά. Σήμερα σώζεται μόνο το κτίσμα του καθολικού της μονής. Σταυροειδής με τρούλο ναός, εξωτερικά διακοσμημένος με κεραμοπλαστική και μια παλιά τοιχογραφία του Αγίου Ζαχαρία στο υπέρθυρο. Στο εσωτερικό του υπάρχουν αγιογραφίες που διατηρούνται μέχρι σήμερα.
Από το μοναστήρι σήμερα σώζεται μόνο το καθολικό και κάποια σκόρπια ερείπια από τα κελιά των μοναχών. Ο ναός είναι χτισμένος σχεδόν εξ ολοκλήρου από πέτρα εκτός από τον τρούλο που έχει επένδυση και από κεραμίδι.
Εξωτερικά διατηρείται σε μάλλον καλή κατάσταση, στο εσωτερικό του όμως είναι εμφανή τα σημάδια από πυρκαγιά που κατέστρεψε σημαντικά τμήματα των τοιχογραφιών.
Οι τοιχογραφίες, δείγμα υψηλής τέχνης των αγιογράφων της εποχής, ανάγονται στον 17ο αιώνα και πολλές από αυτές έχουν ανάγλυφες παραστάσεις κάτι που δεν συναντάμε σε πολλούς ναούς.
Ο Άγιος Ζαχαρίας είναι ένα από τα παλιότερα μοναστήρια της Καστοριάς κι ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά μνημεία του νομού.