H ίδρυση και η λειτουργία της "Κιβωτού του Κόσμου" "Εθελοντικός Μη Κερδοσκοπικός Οργανισμός Ειδικής Μέριμνας και Προστασίας Μητέρας και Παιδιού" ,είχε ξαφνιάσει ευχάριστα .Ο π. Αντώνιος Πανανικολάου ο οποίος εμπνεύστηκε τη δημιουργία της δομής για τα παιδιά γρήγορα έγινε σύμβολο και σημείο αναφοράς. Την ιερατική του πορεία την άρχισε το 1998 ως εφημέριος στον Άγιο Γεώργιο Ακαδημίας Πλάτωνος, στον Κολωνό.
Η συνέχεια εντυπωσιακή. Μαζί με τη συζυγό του Σταματία Γεωργαντή στηρίζει τα παιδιά με εθελοντές και προσωπική εργασία.
Με τη βοήθεια εθελοντών, δημιουργήθηκε η Κιβωτός του Κόσμου (το 1998), μια Οργάνωση με στόχο να βγάλει όσα περισσότερα παιδιά μπορούσε από τη φτώχεια και την εγκατάλειψη και να τους προσφέρει τη δυνατότητα «να σταθούν στα πόδια τους».
Καθώς ο πληθυσμός που ζητούσε βοήθεια αυξανόταν με ταχείς ρυθμούς, ο πατέρας Αντώνιος βλέποντας τα παιδιά και τις ανάγκες ολοένα να αυξάνονται, θέλησε να στεγάσει την προσπάθεια σε ένα πρώην καφενείο και άρχισε να δημιουργεί προγράμματα υποστήριξης, με πρώτο στόχο να βοηθήσει τα μεγαλύτερα παιδιά της περιοχής να επιστρέψουν στο σχολείο και να ολοκληρώσουν την φοίτησή τους.
Η ανάπτυξη της δομής προκάλεσε το ενδιαφέρον του μακαριστού Αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου ο οποίος προσπάθησε να τον φέρει πιο κοντά στην Εκκλησία, ως προς την διοίκηση της 'Κιβωτού".
Ο π.Αντώνιος αρνήθηκε τη βοήθεια της αρχιεπισκοπής ,ακολουθώντας τον δικό του δρόμο.
Όταν πια άρχισε να επεκτείνεται σε όλη τη χώρα και ο νυν Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος ζήτησε τον βοηθήσει τον ιερά με κάποια εποπτεία αλλά και πάλι αρνήθηκε.
Η «Κιβωτός του Κόσμου» δεν υπάγεται στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών, όπως ανέφερε ο εκπρόσωπος Τύπου της Ιεράς Συνόδου. Όπως εξήγησε ο μητροπολίτης Φθιώτιδας Συμεών, όταν ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών επιχείρησε να βοηθήσει τον πατέρα Αντώνιο και την «Κιβωτό του Κόσμου» με κάποιου είδους εποπτεία, ο τελευταίος αρνήθηκε.
Παράλληλα, ο μητροπολίτης Συμεών υπογράμμισε ότι η «Κιβωτός του Κόσμου» δεν υπάγεται στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών, είναι ιδιωτική δομή και δεν είναι υπό την εποπτεία της.
Το χρονολόγιο της δημιουργίας
1999: Ο ιερέας ζητά να του παραχωρήσουν ένα χώρο στην οδό Πύλου, όπου ο ναός χρησιμοποιούσε για εκδηλώσεις . Ο χώρος τελικά ενοικιάζεται με χρήματα του ιδίου και των ανθρώπων .Έτσι ένα ισόγειο, πρώην παλαιό καφενείο στην οδό Πύλου, παιδιά της περιοχής έρχονται καθημερινά ως αργά το βράδυ .
2007: Δημιουργείται το πρώτο σπίτι φιλοξενίας για 30 παιδιά στην περιοχή του Κολωνού.
2008: Η "Κιβωτός" βρίσκει παντού συμμάχους.Διοργανώνεται δε και τηλεμαραθώνιος και με τα πρώτα χρήματα δημιουργείται το «Κέντρο Μέριμνας και Προστασίας Μητέρας και Παιδιού» της Κιβωτού του Κόσμου στην οδό Ζηνοδώρου 3, στον Κολωνό.
2012: Παίρνει σάρκα και οστά το επόμενο εγχείρημα της Κιβωτού «απαντώντας» στις συνεχώς αυξανόμενες ανάγκες για φιλοξενία παιδιών. Το νέο σπίτι στην περιοχή της του Πειραιά, δυναμικότητας 40 κλινών .Το τετραώροφο οίκημα δωρίστηκε στην Κιβωτό από την οικογένεια Κοντοπούλου εις μνήμην της κόρης τους Δέσποινας ή οποία έχασε τη μάχη με την επάρατη νόσο με επιθυμία της να δωριστεί το σπίτι για τα παιδιά της Κιβωτού.
2013: Οι τοπικές αρχές της Ηπείρου τον προσκαλούν για να του παραχωρήσουν ένα χώρο όπου λειτουργούσε η εστία για την Γεωργική Σχολή στο ακριτικό χωριό της Πωγωνιανής,
Εκεί δημιουργείται ένα «σχολείο» διαφορετικό από τα άλλα, το «Γεωργικό Σχολείο» για γεωργούς και κτηνοτρόφους
2014: Η Χίος, του απευθύνει έκκληση για βοήθεια. όπου δημιουργείται "η Κιβωτός του Αιγαίου".
Το καλοκαίρι του 2019 ένα ακόμα όραμα του Πατρός Αντωνίου πήρε σάρκα και οστά. Μετά την ίδρυση της ομάδας μπάσκετ της Κιβωτού του Κόσμου, που συμμετέχει στα τοπικά πρωταθλήματα της Αθήνας, ιδρύεται στην Χίο ο "Ποδοσφαιρικός Αθλητικός Σύλλογος Κιβωτός του Κόσμου", ο οποίος συμμετέχει στα τοπικά πρωταθλήματα του νησιού.
2016: Ιδρύεται η Κιβωτός του Κόσμου- Βόλου, βρίσκεται στο Διμήνι Μαγνησίας και απέχει τρία (3) μόλις χιλιόμετρα από την πόλη του Βόλου. Η λειτουργία της καινούριας δομής πραγματοποιήθηκε με αφορμή τη δωρεά της κατοικίας του γνωτού Έλληνα αλευβροβιομήχανου κ. Κ. Λούλη.
Η «Κιβωτός του Κόσμου» βραβεύθηκε το Νοέμβριο του 2003 σε μία συγκινητική τελετή στο κτίριο της Παλαιάς Βουλής από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας κύριο Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο ως μία από τις καλύτερες οργανώσεις πάνω στη μέριμνα του παιδιού στην Ελλάδα.
Το Ευρωπαϊκό Παρατηρητήριο ενάντια στο ρατσισμό και την ξενοφοβία επέλεξε την «Κιβωτό του Κόσμου» ως «το φωτεινότερο παράδειγμα ενάντια στο ρατσισμό και την ξενοφοβία στην Ελλάδα για το έτος 2003». Το Δεκέμβριο του 2004 η Κιβωτός βραβεύτηκε για το έργο της από την UNESCO. Στις 5 Δεκεμβρίου του 2005 σε τελετή στο Προεδρικό Μέγαρο η «Κιβωτός του Κόσμου» βραβεύτηκε από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας κύριο Κάρολο Παπούλια ξανά ως μία από τις καλύτερες οργανώσεις στην Ελλάδα πάνω στη μέριμνα του παιδιού.
Επίσης, στις 30/12/2008 με την απονομή Βραβείου από την Ακαδημία Αθηνών για βράβευση Έλληνα που διακρίθηκε για πράξη ανθρωπισμού και κοινωνικής αρετής, στον Πατέρα Αντώνιο Παπανικολάου, ιερέα και ιδρυτή της μη κυβερνητικής οργάνωσης «Κιβωτός του Κόσμου», για το εξαιρετικό εθελοντικό του έργο που επιτελεί για τα άπορα και εγκαταλελειμμένα παιδιά.