Σαν σήμερα στις 28 Ιανουρίου του 2008 , δέκα χρόνια μετά την εκλογή του , ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος έχανε τη μάχη για τη ζωή. Ήταν ξημερώματα Δευτέρας στην αρχιεπισκοπή κατοικία του Ψυχικό .Η είδηση του θανάτου του προκάλεσε σοκ σε εχθρούς και φίλους.
Ο Χριστόδουλος τα δέκα χρόνια της αρχιεπισκοπίας του είχε φέρει την Εκκλησία στο προσκήνιο βγάζοντας την από το τέλμα στο ο οποίο είχε περιέλθει λόγω της μακροχρόνιας ασθένειας του μακαριστού Σεραφείμ.
Το πρώτο σοκ για τους πιστούς ήρθε στις 9 Ιουνίου 2007, όταν εισήχθη στο Αρεταίειο για προκειμένου να υποβληθεί σε χειρουργική επέμβαση για την αντιμετώπιση στένωσης του αυλού του εντέρου.
Στις 13 Ιουνίου μπαίνει στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας όπου παραμένει για 21 ημέρες. Η κατάσταση της υγείας του εξελίσσεται ομαλά και χαρακτηρίζεται από τους γιατρούς σταθερή.
Στις 22 Ιουνίου 2007, γίνεται γνωστό πως ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος έχει καρκίνο του παχέος εντέρου, ο οποίος αφαιρέθηκε μαζί με τμήμα του οργάνου κατά την εγχείρηση της 13ης Ιουνίου. Την Παρασκευή 20 Ιουλίου 2007, έπειτα από 41 ημέρες παραμονής στο «Αρεταίειο», ο Αρχιεπίσκοπος επιστρέφει στην οικία του.
Στις 18 Αυγούστου 2007, αναχωρεί για το Μαϊάμι προς αναζήτηση ηπατικού μοσχεύματος. Στις 7 Οκτωβρίου 2007 μπαίνει στο χειρουργείο για μεταμόσχευση ήπατος, αλλά οι γιατροί με επικεφαλής τον Δρ. Ανδρέα Τζάκη, ανακαλύπτουν μεταστατικές νεοπλασίες στην περιτοναϊκή κοιλότητα, γεγονός που καθιστά απαγορευτική την επέμβαση.
Ο Χριστόδουλος θα επιστρέψει στην Ελλάδα στις 26 Οκτωβρίου 2007, και λίγες ημέρες αργότερα ξεκινά χημειοθεραπείες. Στις 25 Νοεμβρίου 2007, παρουσιάζει περαιτέρω επιδείνωση η κλινική του κατάσταση και οι θεράποντες ιατροί αποφασίζουν να διακόψουν προσωρινά τις χημειοθεραπείες.
Στο τελευταίο ιατρικό ανακοινωθέν, που εξεδόθη στις 14 Ιανουαρίου 2008, οι θεράποντες ιατροί αναφέρονται σε «περαιτέρω επιδείνωση» της υγείας του και ανακοινώνουν την αναστολή της χημειοθεραπείας.
Τα ξημερώματα της 28ης Ιανουαρίου του 2008 έκλεισε ο κύκλος του που σημαδεύτηκε από "διαρκείς επαναστάσεις" τις οποίες έζησε την οργάνωση "Χρυσοπηγή", την μητρόπολη Δημητριάδος και την αρχιεπισκοπή.
Έγινε ευρύτερα γνωστός όταν ο Αντώνης Τρίτσης το 1987 κατέθεσε νομοσχέδιο για την μοναστηριακή περιουσία. Η Εκκλησία ξεσηκώθηκε και τότε το άστρο του Χριστόδουλου έλαμψε στις τηλεοπτικές εκπομπές για το θέμα όπου κατακεραύνωνε την κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου. Υπερασπίζονταν με πάθος αλλά και γνώσεις την εκκλησιαστική περιουσία η οποία τότε για πρώτη φορά άρχισε να απασχολεί την κοινωνία σε τέτοια έκταση.
Ο Ανδρέας παραίτησε τον Τρίτση και ο Χριστόδουλος θεωρήθηκε ως ένας ικανός ιεράρχης που θα μπορούσε να διαδεχτεί τον Σεραφείμ .Στις 28 Απριλίου του 1998 σε ηλικία 59 χρόνων εξελέγη Αρχιεπίσκοπος επικρατώντας του Ιερώνυμου.
Από την πρώτη στιγμή έκανε αισθητή την παρουσία του με κηρύγματα όχι τόσο θεολογικού περιεχομένου όσο κοινωνικού. Μιλάει στους νέους και κυρίως στους μαθητές ,τους καλεί στην εξουσία , τους λέει ανέκδοτα. Από την απόλυτη αφάνεια η Εκκλησία γίνεται πρώτο θέμα στη Μέσα Ενημέρωσης. Συγκρούεται με τις κυβερνήσεις, επιτίθεται στην Ευρωπαϊκή Ένωση και κυρίως πνέει μένεα κατά της παγκοσμιοποίησης.
Αν και εμφανίζονταν αδιάλλακτος σε θέματα πίστεως ήταν αυτός που υποδέχτηκε τον Παπά Παύλο τον Β΄στην Αθήνα το 2001 αδιαφορώντας για τις κραυγές των φανατικών.
Δύο ωστόσο, ήταν οι συγκρούσεις που τον σημάδεψαν και σημάδεψαν και την ίδια την Εκκλησία. Η κρίση του 2000 με την κυβέρνηση Σημίτη με αφορμή την μη αναγραφή του θρησκεύματος στις νέες ταυτότητες. Τότε βγήκε ανοικτά και τόνισε προς όλους πως απειλούμεθα "από νεο-διανοούμενους που θέλουν να μας επιτεθούν σα σκυλιά και να μας κόψουν τις σάρκες».Διοργάνωσε δύο συλλαλητήρια σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη, ενώ έφερε και από την Αγία λαύρα το λάβαρο της επανάστασης του 1821.
Στη συνέχεια συγκέντρωσε εκατομμύρια υπογραφές αλλά τελικά ούτε δημοψήφισμα έγινε και το θρήσκευμα διεγράφη από τις ταυτότητες.
Η άλλη κόντρα αφορούσε το Φανάρι και τις Νέες Χώρες .Ο Χριστόδουλος δεν απάντησε σε επιστολή του Βαρθολομαίου που ζητούσε ενημέρωση για την μετακίνηση του μητροπολίτη Άνθιμου από την Αλεξανδρούπολη στη Θεσσαλονίκη. Η κόντρα πήρε διαστάσεις και η Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου το 2003 διέγραψε από τα δίπτυχα τον μακαριστό Χριστόδουλο. Ήταν από τις πιο σκληρές αποφάσεις του Φαναρίου για Ιεράρχη της ελλαδικής Εκκλησίας. Μπροστά στο αδιέξοδο το ελληνικό υπουργείο Εξωτερικών ,και πολλοί ιεράρχες ανέλαβαν πρωτοβουλίες και οι σχέσεις αποκαταστάθηκαν.
Από τότε και μέχρι τον θανατό του αφιερώθηκε στον ρόλο του "καμπανάρη" εκτινάσσοντας τη δημοτικότητα της Εκκλησίας σε πρωτόγνωρα ποσοστά.Ποσοστά τα οποία σήμερα 14 χρόνια μετά τον θανατό του έχουν μειωθεί δραματικά.