Mε κατεύθυνση από το Ρέθυμνο προς το Ηράκλειο, και αφού ο προσκυνητής επισκέπτης διανύσει 16 χιλιόμετρα και διασχίσει τα χωριά Τσεσμές, Αδελε, Πηγή, Λούτρα, Κυριάνα και Αμνάτος θα βρεθεί μπροστά στη Μονή Αρκαδίου.
Μια από τις ιστορικότερες μονές όχι μόνο της Κρήτης αλλά όλης της Ελλάδος. Σύμφωνα με τον αρχαιολόγο Μιχάλη Ανδριανάκη η μονή του Αρκαδίου, που είναι αφιερωμένη στη μνήμη της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα και των αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, «έχει ιδιαίτερη σημασία ως το πλέον χαρακτηριστικό παράδειγμα της Κρητικής Αναγέννησης, αλλά και λόγω της έντονης συμμετοχής της στους απελευθερωτικούς αγώνες των κρητικών, με αποκορύφωμα την πολιορκία και την αυτοθυσία των κλεισμένων σε αυτή υπερασπιστών το 1866. Τα πρώτα βεβαιωμένα στοιχεία για τη Μονή ανάγονται στις αρχές του 16ου αιώνα, εποχή κατά την οποία κτίστηκε και το αρχικό μονόχωρο καθολικό. Το 1572 κάτω από την καθοδήγηση του ιδιοκτήτη της Μονής Ματθαίου Καλλέργη και του ηγουμένου Κλήμη Χορτάτζη, η Μονή μετατρέπεται σε κοινόβιο και αρχίζει η οικοδόμηση του νέου δίκλιτου καθολικού με την περίλαμπρη πρόσοψη από λαξευτό πωρόλιθο, στη σύνθεση της οποίας έχουν αναγνωριστεί άμεσες επιδράσεις από τα έργα των μεγάλων αρχιτεκτόνων Sebastiano Serlio και Andrea Palladio».
Στη βόρεια πτέρυγα υπάρχει το σύγχρονο ηγουμενείο, που αντικατέστησε το κατεστραμμένο αρχικό. Ανατολικά της τράπεζας είναι διατεταγμένα τα μαγειρεία, ο φούρνος, το ζυμωτήριο, αποθήκες τροφίμων και διώροφα κελιά μοναχών.
Στη συνέχεια η πτέρυγα κλείνει με την κρασαποθήκη, που είχε μετατραπεί σε πυριτιδαποθήκη το 1866 και ανατινάχθηκε, στέλνοντας στο θάνατο εχθρούς και φίλους από τον Κωνσταντίνο Γιαμπουδάκη.
Ακολουθεί η ανατολική πύλη και στη συνέχεια τα, ως επί το πλείστον διώροφα κελιά της ανατολικής πτέρυγας. Το ανατολικό τμήμα της νότιας πτέρυγας στο ισόγειο με την κλειστή, θολωτή στοά, ονομάζεται "Μεσοκούμια και φιλοξενούσε τους γέροντες και ασθενείς μοναχούς, ενώ στον όροφο υπάρχουν κελιά με πλατύ διάδρομο μπροστά τους.
Ακολουθούν προς τα δυτικά συνεχόμενοι, θολοσκέπαστοι χώροι, που χρησίμευαν ως αποθήκες για το λάδι και το κρασί, προϊόντα για τα οποία η Μονή φημιζόταν πάντα.
Εκτός από το καθολικό, που κτίστηκε μεταξύ του 1572 και 1587, το υπόλοιπο συγκρότημα της Μονής Αρκαδίου κτίστηκε μεταξύ του 1670 και 1714, όπως διαπιστώνουμε από τις σωζόμενες επιγραφές, αλλά και από τις πληροφορίες των ιστορικών πηγών.
Πρόκειται για ένα τυπικό παράδειγμα μανιεριστικής αρχιτεκτονικής, που είχε επικρατήσει στη βενετοκρατούμενη Κρήτη από τα μέσα του 16ου αιώνα και απετέλεσε της τοπικής λαϊκής παράδοσης. Η Μονή έχει πολλές οικοδομικές φάσεις, που χρονολογούνται κυρίως μετά τη μεγάλη καταστροφή του 1866.
Η Μονή Αρκαδίου στα χρόνια της λειτουργίας της υπήρξε κέντρο Παιδείας, αντιγραφής χειρογράφων και άσκησης της χρυσοκεντητικής . Πολλά χειρόγραφα σώζονται σε βιβλιοθήκες του εξωτερικού, ενώ ένας σημαντικός αριθμός από χρυσοκέντητα άμφια, έργα των καλλιτεχνών-μοναχών, εκτίθενται στο Μουσείο, ή σώζονται στα διάφορα, μεγάλα κέντρα της Ορθοδοξίας.