Στις 17-18 Μαΐου 1790, ο Λάμπρος Κατσώνης υπήρξε ο πρωταγωνιστής της Ναυμαχίας της Άνδρου, στο ομώνυμο στενό, στον πορθμό του Καφηρέα, μεταξύ Άνδρου και ευβοίας και σε αυτήν συμμετείχαν τα εννέα πλοία του Λάμπρου Κατσώνη, με Μοίρα του Οθωμανικού Ναυτικού, αποτελούμενη από 15 πλοία, προς την οποία προσέτρεξε προς βοήθειά της και άλλη αλγερινή ναυτική Μοίρα αποτελούμενη και αυτή από άλλα 15 πλοία, συνολικώς 30 εχθρικά πλοία!
Παρά την αριθμητική ανισότητα σε σχέση με τον συνασπισμένο τουρκο-αλγερινό στόλο ο Κατσώνης δεν δείλιασε να πολεμήσει και έσπευσε να εμπλακεί άμεσα με τον εχθρό!
Μία άνιση ναυμαχία που ξέσπασε έφερε τα πλοία και τα πληρώματα του Κατσώνη να μάχονται γενναία και να νικούν τον έναντι αυτών Οθωμανικό στόλο, αλλά την επομένη, 18 του μηνός, σε ενίσχυση των Τούρκων προσέτρεξαν 11 αλγερινά πλοία, γεγονός που έγειρε καθοριστικώς την πλάστιγγα της μάχης υπέρ του, αλλάζοντας όλα τα τακτικά δεδομένα επί του πεδίου.
Πριν τη ναυμαχία, ο Κατσώνης έδωσε διαταγή στο πλήρωμά του να αλείψουν με λίπος το κατάστρωμα της ναυαρχίδος του, ώστε να γλιστρούν όσοι Μουσουλμάνοι επιχειρούσαν να κάνουν ρεσάλτο, όπερ και εγένετο, με αποτέλεσμα όσοι το αποτολμούσαν σφαγιάζονταν ανηλεώς από τους αμυνόμενους. Το πλοίο του Αλεξόπουλου τέθηκε εκτός μάχης και ο καπετάνιος του προτίμησε να ρίξει στις βραχώδεις ακτές της Βορειοανατολικής Άνδρου, όπου ακολούθως το πυρπόλησε, για να μην πέσει ως λάφυρο στα χέρια των Οθωμανών. Ο ίδιος και οι 10 επιζώντες ναύτες του πληρώματός του βγήκαν στην Άνδρο. Ένας άλλος καπετάνιος του στολίσκου του Κατσώνη, ο Νικηφοράκης, έριξε και αυτό το σκάφος του στα βράχια της Άνδρου και μετά το πυρπόλησε για τον ίδιο λόγο, αφού όμως πρώτα διασώθηκαν ο ίδιος και οι 94 ναύτες του πληρώματός του.
Συνολικώς, Λάμπρος Κατσώνης, ο οποίος γεννήθηκε στην Λειβαδιά της Βοιωτίας αλλά ήταν αντισυνταγματάρχης του Αυτοκρατορικού Τσαρικού Στρατού και έκανε καταδρομικές επιχειρήσεις με τα σκάφη του στο Αιγαίο εναντίον των Τούρκων και – ουσιαστικώς – για λογαριασμό του Τσάρου της Ρωσίας, έχασε πέντε σκάφη συμπεριλαμβανομένης και της ναυαρχίδος του, αλλά ο ίδιος διασώθηκε με ένα πλοιάριο, με το οποίο επιβιβάστηκε σε ένα άλλο δικό του πλοίο. μαζί με όσους επέζησαν της ναυμαχίας.
Αποτέλεσμα της ναυμαχίας αυτής, που συνολικώς διήρκεσε δύο μέρες (17 και 18 Μαΐου) ήταν ο Λ.Κατσώνης να απολέσει πέντε συνολικώς πλοία του, ως προελέχθη, από τα οποία τα δύο καταλήφθηκαν από Αλγερινούς και τα υπόλοιπα τρία αυτοπυρπολήθηκαν από τους κυβερνήτες τους, προκειμένου να μην πέσουν άθικτα στα χέρια των Οθωμανών και γίνουν λάφυρα αυτών, μαζί με 565 άνδρες αξιωματικούς και ναύτες νεκρούς και 53 τραυματίες. Από τουρκικής πλευράς οι απώλειες των τουρκοαλγερινών ανήλθαν σε 3.000 νεκρούς και τραυματίες ναυτικούς.
Ο Κατσώνης με τα υπολείμματα του στόλου του κατέφυγε στο Πόρτο Κάγιο, στο Ταίναρο και στα Κύθηρα, όπου ανασυγκρότησε το στολίσκο του. Από αυτή τη ναυμαχία της Άνδρου, προήλθε η γνωστή παροιμία: «Αν σ' αρέσει Μπάρμπα-Λάμπρο ξαναπέρνα από την Άνδρο».