Σκληραίνει τη στάση της η Εκκλησία απέναντι στους ιερείς οι οποίοι εκφράζουν δημόσια τη διαφωνία τους ως προς τις επίσημες θέσεις της Συνόδου για τα μέτρα και τους εμβολιασμούς.
Ο μητροπολίτης Μυλοποτάμου Ευγένιος οποίος είχε νοσήσει από κορονοϊό σχολιάζοντας τη στάση ορισμένων κληρικών στην Κρήτη ανέφερε : “Αν ενδεχομένως ιερείς έχουν παρακινήσει πιστούς να μην εμβολιαστούν, είναι εντελώς αυθαίρετο καθώς η Εκκλησία έχει ξεκάθαρη θέση στο θέμα και όποιος νομίζει ότι ορθοτομεί τα πράγματα εκτός της Εκκλησίας, δεν λειτουργεί σωστά.
Ίσως να υπάρχουν και αυτοί οι άνθρωποι που, το λέω δημόσια, μάλλον τον εαυτό τους κηρύττουν και όχι τον Χριστό. Δεν αποκλείω ένας ή δύο ή τρεις να είχαν τέτοια σκέψη και να το έκαναν, αλλά αυτό να μην γενικεύεται. Όποιος πιστός εντοπίζει κάτι τέτοιο, να καλέσει στη Μητρόπολη να το αναφέρει“
Αναφερόμενος στο εμβόλιο υποστήριξε: «ο εμβολιασμός δεν είναι ζήτημα θεολογικό, όπως ίσως κάποιοι το έχουν αναγάγει. Δεν είναι θέμα πίστης αλλά απ’ όλα έκφραση αγάπης προς τον εαυτό μας και τους αδελφούς μας. Ήδη από τον περασμένο Μάρτιο, από τότε που εγώ προσωπικά νόσησα, εμβολιάστηκα και έλαβα τη δυνατότητα να αισθάνομαι κάπως ασφαλής, αλλά εξακολουθώ να προσέχω και λέω σε όλους, τρέξτε και κάντε το εμβόλιο. Δεν έχουμε κανένα δικαίωμα να στερούμε ούτε τον εαυτό μας ούτε και τους συνανθρώπους μας από αυτό το αγαθό που, δόξα τω θεώ, το έχουμε»
Στο μεταξύ συγκέντρωση διαμαρτυρίας έξω από την μητρόπολη Θεσσαλονίκης πραγματοποίησαν προκειμένου να διαμαρτυρηθούν γιατί ετέθη σε διαθεσιμότητα ένας ιερέας ο οποίος το Πάσχα είχε τελέσει την Αναστάσιμη Λειτουργία στις 12 τα μεσάνυχτα και όχι στις 9μ.μ όπως είχε αποφασίσει η Σύνοδος.
Ο αρχιμανδρίτης Αντώνιος ετέθη σε αργία και για το γεγονός ότι την περίοδο της καραντίνας και των περιοριστικών μέτρων είχαν προκαλέσει θύελλα αντιδράσεων, καθώς, μεταξύ άλλων, υποστήριζε ότι ο κορονοϊός χρησιμοποιείται «ως πρόσχημα για να μπει η εκκλησία στο περιθώριο», ενώ υποστήριζε ότι σεισμός που έπληξε τη Σάμο και κόστισε τη ζωή σε δύο παιδιά, ήταν «παρέμβαση άνωθεν». Ισχυριζόταν, δε, ότι συγγενείς ατόμων που έχασαν τη ζωή τους, δωροδοκήθηκαν για να δεχθούν να κατοχυρωθεί ως αιτία θανάτου ο κορονοϊός.
Στις ομιλίες του αρχιμανδρίτη Αντώνιου έγινε λόγος, όπως ανέφεραν διαμαρτυρόμενοι, και για τα εμβόλια του νέου κορονοϊού, για τα οποία τοποθετήθηκε τόσο με την ιδιότητά του ως αρχιμανδρίτη όσο και με την ιδιότητά του ως γιατρού. Παράλληλα, οι συμμετέχοντες υποστηρίζουν ότι το ζήτημα του εμβολιασμού «είναι και θεολογικό, εφόσον υπάρχουν εκτρωμένα έμβρυα μέσα στα εμβόλια».
Από την πλευρά του, ο Αρχιμανδρίτης Αντώνιος δήλωσε στη Voria.gr ότι «δέχομαι τις προθέσεις της Μητροπόλεως, αλλά τυπικά δεν έχουν δικαίωμα να με διώξουν γιατί καλύπτομαι από τον δημοσιουπαλληλικό νόμο. Δεν μπορεί κανείς να διώξει κάποιον αν δεν το ζητήσει αυτός ή αν δεν τιμωρηθεί από δικαστήριο.
Ήταν απόφαση που ελήφθη αναδρομικά διότι την περίοδο του κορονοϊού εμείς δεν επιμέναμε στα μέτρα, στο πώς θα έρθει δηλαδή ο καθένας στην εκκλησία.
Ήταν δική του απόφαση, με αποτέλεσμα το ναό μας, στον Άγιο Αθανάσιο δηλαδή, να έρχονται άνθρωποι πιο ελεύθερα, χωρίς μάσκες, αλλά χωρίς ποτέ να παρατηρηθεί ότι κόλλησε κάποιος. Ποτέ δεν είχαμε κάτι τέτοιο.
Παράλληλα, ο Αρχιμανδρίτης επισήμανε πως η απόφαση για το καθεστώς διαθεσιμότητας τους έγινε μέσω ενός εγγράφου που του δόθηκε, ενώ ταυτόχρονα δεν είχε την ευκαιρία να απολογηθεί.