Ο ιερός ναός του Αγίου Νικολάου μερικές δεκάδες μέτρα από το λιμάνι της Ερμούπολης είναι ένας από τους πιο σημαντικούς ναούς της Σύρου. Επιβλητικός με τον μπλε τρούλο του ,έχει συνδεθεί με την σύγχρονη ιστορία του νησιού.
Θεμελιώθηκε στις 28 Φεβρουαρίου του 1848. Ο ίδιος ο βασιλιάς Οθων ήταν αυτός που ενδιαφέρθηκε για τα οικοδομικά σχέδιά του.
Η δε εικόνα του Αγίου Νικολάου ιστορήθηκε και επαργυρώθηκε στη Μόσχα το 1852.Το μαρμάρινο τέμπλο το οποίο θεωρείται ένα από τα πλέον σημαντικά του 19ου αιώνα φιλοτεχνήθηκε την περίοδο 1883-1899 από τον Τήνιο Μαρμαρογλύπτη Γεώργιο Βιτάλη με έντονα τα στοιχεία κλασικιστικής και δυτικής τεχνοτροπίας.
Ο μαρμάρινος άμβωνας παραπέμπει σε αυτόν του καθεδρικού ναού των Αθηνών και κατασκευάστηκε το 1868. Οι επιβλητικές αναλογίες του διώροφου ναού, τα πανύψηλα μαρμάρινα κωδωνοστάσια, τα επιβλητικά μαρμάρινα (επίσης) προπύλαια με τους τέσσερις κίονες ιωνικού ρυθμού αλλά και τον συνολικό διάκοσμο να προσδίδει στον ναό μνημειακό αρχαιοελληνικό χαρακτήρα.
Στο σκευοφυλάκιο του ναού φυλάσσονται πολύτιμα ιερά σκεύη, ευαγγέλια, άγιο ποτήρι, σταυροί, χρυσοκέντητοι επιτάφιοι όλα αφιερώματα πρέσβεων, πλοιοκτητών, επιχειρηματιών από την Ελλάδα, την Ρωσία και τις Παραδουνάβιες χώρες.
Το πόσο σημαντικός ήταν ο ναός φαίνεται και από το γεγονός οτι πολλοί Έλληνες και ξένοι παράγοντες της δημόσιας ζωής προσέφεραν μεγάλα χρηματικά ποσά αλλά και σπάνιας αξίας αντικείμενα. Η βασίλισσα Όλγα προσέφερε 3.000 χρυσές λίρες για την αποπεράτωση των επιβλητικών καμπαναριών. Επίσης δώρισε και τέσσερις φανούς από την βασιλική άμαξα.
Ο τελευταίος τσάρος Νικόλαος Ρομανώφ προσέφερε ένα βαρύτιμο εγκόλπιο το οποίο φέρεται επί της εικόνας του αγίου μόνο την ημέρα της πανηγύρεως του ναού.