Συντηρεί την αντιπαράθεση με την Εκκλησία ο υπουργός Παιδείας με μια συνέντευξη όπου δηλώνει ότι υπάρχουν τζιχαντιστές μητροπολίτες και χαρακτηρίζει τον Μητροπολίτη Καλαβρύτων ανεκδιήγητο.
Σε συνέντευξη που έδωσε ο Νίκος Φίλης στο ραδιόφωνο του Apha989 και στην εκπομπή «Γιάφκα» του Σπύρου Χαριτάτου, μίλησε για τις προσεχείς αλλαγές στο σχολείο και εκλήθη να σχολιάσει τη «σύγκρουση» που του χρεώνουν με την Εκκλησία.
Απαντώντας σε αυτό έκανε σχόλια που εγείρουν ενστάσεις και θα εντείνουν και πάλι τις σχέσεις Κράτους με την Εκκλησία.
«Έχω σχέση με την Εκκλησία. Έχω θεσμική υποχρέωση να υποστηρίξω ένα σχολείο κοσμικό, λαϊκό σχολείο, ανοιχτό βεβαίως σε διάφορα κοινωνικά ρεύματα αλλά με κανόνες. Δεν μπορεί να μπαινοβγαίνουν διάφοροι – και δεν αναφέρομαι στην Εκκλησία αυτή τη στιγμή -και να κάνουν εμπόριο. Υπάρχει αυτή η τάση και η επιμονή να πουλάνε προϊόντα. Μετά το διδακτικό ωράριο ναι. (...). Υπάρχουν διάφορα πράγματα που θέλουν να τα πουλάνε στους μαθητές. Και το «εμπόριο ιδεών» θέλει προσοχή. Ελευθερία ιδεών να υπάρχει αλλά δεν μπορεί το σχολείο να σου διδάσκει τη θεωρία του Δαρβίνου και από την άλλη να μπαινοβγαίνουν μέσα θεολόγοι, ιερωμένοι, ιερείς με το κύρος μάλιστα του ομοφορίου τους και να λένε ότι «αυτά τα πράγματα είναι ανοησίες και προήλθαμε από τον Αδάμ και την Εύα» (...) και οι ιερείς που θέλουν να μπαίνουν μπορούνε μετά το μάθημα, μετά το διδακτικό ωράριο και αυτοί και οι άλλοι να κάνουνε ελευθεροι συζήτηση με τα παιδιά. Αλλά η υπόθεση όπως συνέβη πρόσφατα να πηγαίνει ένας Μητροπολίτης κάθε Πέμπτη επί οκτώ εβδομάδες και να παρεμβαίνει και στο μάθημα και να λέει ποιο είναι το σωστό, είναι δυνατόν να γίνει αποδεκτό; Ή ο άλλος ο ανεκδιήγητος, ο οποίος διασύρει την Εκκλησία, αλλά δε του μιλάει κανένας, δυστυχώς, ο οποίος βγαίνει και εξαπολύει μύδρους εναντίον κάθε ανθρώπου πιστού ή μη, δεν έχει σημασία, που διατυπώνει άποψη διαφορετική...
Ποιος είναι ο ανεκδιήγητος; (ρωτά ο Σπ. Χαριτάτος)
Δε θέλω να μιλήσω προσωπικά ούτε κάνω καβγά προσωπικό αυτή τη στιγμή. Ξέρει η κοινή γνώμη ότι υπάρχουν ορισμένοι – το τονίζω αυτό το πράγμα – τζιχαντιστές μητροπολίτες (...).
Και συνέχισε ο υπουργός Παιδείας: Ξέρουν οι πολίτες, οι πιστοί και κρίνουν. Από εκεί καιπέρα είναι μιας χαμηλής ποιότητας πολιτική παρέμβαση τζιχαντιστών μητροπολιτών που χαλάν την εικόνα της Εκκλησίας.
Τέλος, υπουργός ξεκαθάρισε πως «είναι άλλο η Πολιτεία και άλλο η Εκκλησία. Το σχολείο είναι κοσμικό, η Εκκλησία μπορεί να έχει κατηχητικό. Η αλλαγή του μαθήματος των θρησκευτικών από κατηχητικό σε μάθημα γνώσης είναι αναγκαία και θα γίνει, παρότι αντιδρά ένα μεγάλο μέρος της Εκκλησίας. Ένα άλλο τμήμα συμφωνεί, όπως συμφωνούν και θεολόγοι. Πάντα η Εκκλησία διαφωνούσε. Αμύνεται ορισμένων παλαιών καταστάσεων, το σχολείο όμως θα πάει μπροστά. Κάποιοι μητροπολίτες δεν μπορούν να καταλάβουν ότι η κοινωνία μας είναι λαϊκή και εκκοσμικευμένη».