Το λευκό, το μπλέ και η κυκλαδίτικη αρχιτεκτονική συνειπάρχουν σε ένα μοναδικής ομορφιάς κτιριακό συγκρότημα: στην ιερά Μονή Προφήτη Ηλία στη Σαντορίνη. Πρόκειται για σταυορπηγιακό μοναστήρι -ανδρικό- το οποίο έχει κτιστεί σε υψόμετρο 567 μέτρων, στο όρος Προφήτη Ηλία, τρία χιλιόμετρα από το χωριό Πύργος του δήμου Καλλίτσης, νοτιοανατολικά του νησιού.
Θεωρείται το πλέον σημαντικό μοναστικό κέντρο της Σαντορίνης το οποίο ιδρύθηκε το 1711 από δύο αδέλφια κληρικούς τον Γαβριήλ και τον Ιωακείμ οι οποίοι καταγόταν απο τον Πύργο. Η μονή κτίστηκε σε ιδιόκτητα κτήματα της οικογενειάς των, στα οποία υπήρχαν δυο εξωκκλήσια αφιερωμένα στον Προφήτη Ηλία και την Υπαπαντή του Κυρίου.
Τα δύο αδέλφια προκειμένου να κτίσουν το μοναστήρι αναζήτησαν οικονομική στήριξη σε πρόσωπα της ακμάζουσας τότε παροικίας των Σαντορινιών στην Κωνσταντινούπολη.
Οι μοναχοί εξασφάλισαν χρήματα και ταυτόχρονα και το προνόμιο του σταυροπηγίου απο τον πατριάρχη Κύριλλο Β' το 1712.Το προνόμιο ανανεώθηκε το 1798 από τον Πατριάρχη Γρηγόριο τον Ε'.
Το μοναστήρι κατά τον 18ο και μέχρι τα μέσα του 19ο αιώνα οργανώθηκε και απέκτησε δύναμη και μοναχούς ο αριθμός των οποίων είχε φτάσει και τους 20. Η ανάτπυξη που παρουσίασε δεν πέρασε απαρατήρητη από το Οικουμενικό Πατριαρχείο το οποίο παραχώρησε το αξίωμα της Πατριαρχικής Εξαρχίας στον ηγούμενο.
Η αναβάθμιση του ηγούμενου σε πατριαρχικό έξαρχο του έδωσε αρμοδιότητες (έλεγχος των μοναστηριών για θέματα κανονικής τάξεως και είσπραξη οφειλών των μονών προς το Φανάρι) και παράλληλα τη δυνατότητα να ισχυροποιήσει τη θέση του Προφήτη Ηλία στους Ορθοδόξους.
Η μονή στην αρχή οργανώθηκε ως ιδιόρυθμη. Όταν αυξήθηκε ο αριθμός των μοναχών έγινε κοινοβιακή μέχρι τα μέσα του 17ου αιώνα οπότε έγινε και πάλι "ιδιόρυθμο" μέχρι το 1998 όταν και επανδρώθηκε από τη σημερινή αδελφότητα.
Το 1898 ο ηγούμενος της μονής Σωφρόνιος Γαβαλάς καθόρισε τους κανόνες λειτουργίας της μονής, σύμφωνα με τους οποίους:
- οἱ μοναχοί ὄφειλαν νά διάγουν βίο σεμνό, τίμιο, ἐνάρετο, σώφρονα, εἰρηνικό καί ἀσκανδάλιστο, χωρίς ἔριδες καί φιλονεικίες, νά ἀγαποῦν ἀλλήλους, σάν μιά ψυχή σέ πολλά σώματα, καί νά μήν ἐπαίρονται ἔναντι ἀδελφοῦ τῆς μονῆς.
- δέν ἐπιτρεπόταν ἡ παραχώρηση περιουσιακῶν στοιχείων ἀδελφοῦ τῆς Μονῆς, μετά τήν κουρά, παρά μόνο ὕστερα ἀπό ἄδεια τοῦ καθηγουμένου καί μέ σκοπό τήν ψυχική ὠφέλεια.
- δέν ἐπιτρεπόταν τά ἀφιερώματα τῶν πιστῶν στή μονή νά ἀνήκουν στούς μοναχούς.
- δινόταν τό δικαίωμα μετακίνησης τῶν μοναχῶν σέ ὅλη τήν ἐπαρχία, βάσει τοῦ θεσμοῦ τῆς «ζητείας».
- ὑπῆρχε ὑποχρέωση τέλεσης ἐτήσιας πανηγύρεως στήν ἑορτή μνήμης τοῦ ἁγίου.
- ἡ Μονή ὁριζόταν ὡς ἄβατο γιά τίς γυναῖκες.
Το άβατο των γυναικών το συναντάμε σε πολλά μοναστήρια των Κυκλάδων, τα οποία στο θέμα αυτό διέφεραν από αυτά της υπόλοιπης Ελλάδας.
Στην συγκεκριμένη περίπτωση το άβατο για τις γυναίκες θεσπίστηκε με την ίδρυση της Μονής. Οι γυναίκες που ήταν άρρωστες και φτωχές και χρειάζονταν βοήθεια μπορούσαν να φτάσουν μέχρι το μύλο που ήταν έξω από το μοναστήρι, αλλά μόνο μέχρι εκεί.
Τό άβατο διατηρήθηκε μέχρι τόν 19ο αιώνα, οπότε η ισχύς του κανόνα ατόνησε. Σήμερα η είσοδος γυναικών είναι ελεύθερη μόνο στό Καθολικό καί τό αρχονταρίκι.
Η Μονή του Προφήτου Ηλία ανάπτυξε ιδιαίτερη δραστηριότητα καί συνέβαλε στήν ανάπτυξη της τοπικής κοινωνίας μέ τήν καλλιέργεια τῶων ελληνικών γραμμάτων, τή συμμετοχή της σέ εθνικά ζητήματα, ἀλλά καί μέ τό φιλανθρωπικό της έργο.
Από τά σημαντικότερα κοινωφελή έργα τής Μονής ήταν ἡ ίδρυση ελληνικού σχολείου στήν περιοχή της Μαρτινούς, λίγο έξω ἀπό τόν Πύργο. Η περιοχή είναι γνωστή μέχρι σήμερα μέ τήν ονομασία «Σχολειά».
Επίσης η μονή ίδρυσε το 1831 το Ελληνοορθόδοξο σχολείο της Θήρας, την δημοτική σχολή Οίας ενώ ανέπτυξε δράση και εκτός Θήρας.
Πρόσφερε χρήματα στο ιερατικό σχολείο Σύρου, στήριξε με υποτροφίες νέους στη Ριζάρειο σχολή, ενώ συμμετείχε στην ίδρυση της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας.
Εκτός της εκπαίδευσης η μονή ανέπτυξε και πολλές φιλανθρωπικές δραστηριότητες: Στήριξε με κάθε μέσο και τρόπο ασθενείς και φτωχούς ,ενώ συνέβαλε ουσιαστικά τη λειτουργία του λεπροκομείο της Θήρας που ιδρύθηκε το 1839.
Προσέφερε επίσης μεγάλες εκτάσεις για την αποκατάσταση των σεισμοπαθών του νησιού 1956 .
Το μοναστήρι έφτασε να στηρίξει οικονομικά και τους "εν Ινδία παθόντες χριστιανούς υπηκόους της Αγγλίας, ήτις ευεργέτησε πολυειδώς το έθνος μας κατά τον ιερόν αυτού αγώνα", όπως μας πληροφορεί έγγραφο του 1857.
Για τον "ιερόν αγώνα του έθνους μας" η μονή διέθεσε μεγάλα ποσά συμμετέχοντας αμεσα και ουσιαστικά στην προσπάθεια της παλιγγενεσίας.
Το 1787 όταν η Ρωσία βρίσκονταν σε πόλεμο με τους Οθωμανούς εξόπλισε ένα ιστιοφόρο "πολάκα" με το όνομα "Αγιος Γεώργιος" το οποίο ταξίδευε με την " παντιέραν του μοναστηρίου και μιαν εικόνα του Προφήτου Ηλίου".
Το 1822 δεκαέξι μοναχοί μαζί με τον ηγούμενο και τους προκρίτους με εγγραφό τους στον Αλέξανδρο Υψηλάντη δήλωσαν συμμετοχή στην εξέγερση.
Στόν απελευθερωτικό αγώνα του1821 η μονή Προφήτου Ηλίσ πρόσφερε κάθε δυνατή βοήθεια, ηθική καί υλική. Η μεγάλη αυτή προσφορά τεκμηριώνεται καί μέσα από πλήθος εγγράφων της ἐποχής, πού σήμερα φυλάσσονται στό αρχείο της , αλλά καί στά Γενικά Αρχεία του Κράτους.
Τό 1822 δεκαέξι μοναχοί, μέ ἐπικεφαλῆς τόν ἡγούμενο καί ἄλλους πρόκριτους τῆς Θήρας, δήλωσαν ἐγγράφως πρός τόν ᾿Αλέξανδρο ῾Υψηλάντη τήν πρόθεσή τους νά συμμετάσχουν στήν ἐξέγερση.
Στα μέσα του 19ου αιώνα η μονή χρησιμοποιήθηκε , λόγω της αποστασή της και ως τόπος εξορίας κληρικών αλλά και όσων εξέφρασαν θεολογικές αποψεις.Εδώ εξορίστηκε ο Θεόφιλος Καίρης (1784-1853).
Επίσης ο μοναχός Χριστόφορος Παναγιωτόπουλος , γνωστός ως Παπουλάκος , πριν εξοριστεί στην Ανδρο στη Μονή Παναχράντου , είχε "φυλακιστεί" στον Προφήτη Ηλία.
Για δέκα χρόνια εξορίστηκε εδώ και ο μοναχός και λόγιος Διονύσιος Επιφανιάδης .
Πολλά είναι τα ιερά λείψανα που φυλάσσονται στη μονή και ανήκουν στους αγίους: Δημήτριο, Γεώργιο, Αρσενίου εν Πάρω, Γρηγορίου Θεολόγου, Μαρίνας, Ιωάννου Χρυσοστόμου. Επίσης υπάρχει δάκτυλο του Μεγάλου Βασιλείου, σβώλοι αίματος που ανήκουν σε σφαγιασθέντα παιδιά από τον Ηρώδη .
Ξεχωριστή θέση μετά των λειψάνων και των κειμηλίων κατέχουν το τεμάχιο του Τιμίου Ξύλου, και τμήμα του καλάμου που κρατούσε ο Χριστός.Εδω βρίσκεται επίσης και η μίτρα του Πατριάρχη Γρηγορίου του Ε'.