Η Μονή Αγκαράθου βρίσκεται 23 χιλιόμετρα ανατολικά του Ηρακλείου κοντά στην Επισκοπή Πεδιάδος.
Ήταν και παραμένει ένα από τα σημαντικότερα μοναστήρια της Κρήτης ενώ την περίοδο της Ενετοκρατίας, θεωρούνταν από τα πλουσιότερα στο νησί, αφού είχε καταφέρει να αποκτήσει ως μετόχια πολλές μικρές και μεγάλες μονές που αντιμετώπιζαν προβλήματα.
Αυτό που το κάνει ξεχωριστό (εκτός των άλλων) είναι η θαυματουργή ροδιά που βρίσκεται στο προαύλιο και στην οποία βρέθηκε αρχικά η εικόνα της Παναγίας.
Το όνομα της οφείλεται στο φυτό αγκαραθιά. Στη ρίζα του φυρού, σύμφωνα με την παράδοση βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας.Στο σημείο της εύρεσης κτίστηκε αργότερα η Εκκλησία. Η αγκαραθιά, πάντά κατά την τοπική παράδοση, μετά χρόνια μπολιάστηκε σε ροδιά και έγινε με θαυμαστό τρόπο δέντρο στον κορμό του οποίου μοναχοί κρατούν αναμμένο ένα καντήλι.
Ανεξάρτητα από τον τρόπο που κτίστηκε η μονή ,η οποία ήταν επανδρωμένη με μοναχούς από τα Κύθηρα συνδέθηκε με σημαντικότατες προσωπικότητες της Ορθόδοξης Εκκλησίας όπως ήταν ο Μελέτιος Πηγάς (Πατριάρχης Αλεξανδρείας), ο Κύριλλος Λούκαρης (Οικουμενικός Πατριάρχης), ο Γεράσιμος Παλαιοκάπας (Επίσκοπος Κρήτης) και ο λόγιος Ιωσήφ Βρυέννιος.
Η μονή ανήκε στους απόγονους του Ματθαίου Καλλέργη οι οποίοι το 1504 την παραχώρησαν στον μοναχό Νήφωνα Νοταρά. Το 1821 οι Τούρκοι την πυρπολούν και σφάζουν όλους τους μοναχούς.
Ο ναός της μονής είναι δίκλιτος, με το ένα κλίτος αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου να εορτάζει στις 15 Αυγούστου και το άλλο στις11 Νοεμβρίου την εορτή του αγίου Μηνά.
Στο μοναστήρι υπάρχει και ξενώνας ο οποίος μετά από συνεννόηση μπορεί να φιλοξενήσει τους προσκυνητές Έξω από τη μονή υπάρχει ο παλιός ναός του Αγίου Ραφαήλ.