Η Μονή Καθαρών βρίσκεται σε υψόμετρο 566 μ., 6 χλμ. έξω από το ομώνυμο χωριό. Δύο εκδοχές υπάρχουν για το χτίσιμο στην περιοχή της εκκλησίας και του μοναστηριού της Παναγίας. Η πρώτη υποστηρίζει ότι καλλιεργητές πήγαν στην περιοχή για να κάψουν "κάθαρα", δηλ. άγρια χόρτα και αγκάθια και βρήκαν την εικόνα της Παναγίας. Ετσι αποφάσισαν να κτίσουν εκεί μία εκκλησία. Η δεύτερη εκδοχή συνδέει την ίδρυση του μοναστηριού με τους οπαδούς της Καθολικής αίρεσης των Καθαρών.
Όποια και να είναι η αληθινή εκδοχή, το γεγονός είναι ότι η εκκλησία της Παναγίας χτίστηκε το 1696 και το μοναστήρι που χτίστηκε λίγο αργότερα λειτούργησε αδιάκοπα ως την περασμένη δεκαετία.
Η Ιερά Μονή Παναγίας Καθαρών Ιθάκης είναι σημείο αναφοράς για τους απανταχού της γης Ιθακησίους. Χτισμένη στη ΝΑ κορυφή του όρους Νήριτον, σε υψόμετρο 600 μ. και σε απόσταση 15 χλμ. από το Βαθύ, πλουτεί ως θησαυρό πολύτιμο την ιερά εικόνα της πολιούχου του νησιού, Υπεραγίας Θεοτόκου της Καθαριωτίσσης.
Οι πρώτες μαρτυρίες για τη Μονή ανάγονται στο 1696. Το όνομα «Καθαρά» προέρχεται, κατά την παράδοση, από τη λέξη «κάθαρα», που στην τοπική διάλεκτο σημαίνει τα ξερόκλαδα και τους μικρούς θάμνους που κόβονται και καίγονται για να καθαρίσει κάποιος τόπος. Επειδή λοιπόν την ιερή εικόνα του Γενεσίου της Θεοτόκου τη βρήκαν με θαυματουργό τρόπο μέσα στα καιόμενα κάθαρα, την ονόμασαν «Καθαριώτισσα». Άλλη εκδοχή συνδέει τη Μονή με την αίρεση των «καθαρών» και μια Τρίτη με την προχριστιανική λατρεία της «Καθαράς» «θεάς» Αθηνάς.
Πανηγυρίζει κάθε χρόνο στην εορτή του Γενεσίου της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου 2010) κατά την εκκλησιαστική τάξη. Μετά τη Θ. Λειτουργία, η ιερά εικόνα λιτανεύεται μέχρι το επιβλητικό καμπαναριό της Μονής, που δεσπόζει της πόλεως και του όρμου του Βαθέος και η Κυρά των Καθαρών από τον υψηλό Της Θρόνο ευλογεί το νησί Της.
Στην Ι. Μονή φυλάσσονται λείψανα των Αγίων Παρασκευής, Ελευθερίου, Χαραλάμπους, Ανδρέου Κρήτης κ.ά.
Η εικόνα της Παναγίας, που πιθανώς αποτέλεσε την αφορμή για την ίδρυση του μοναστηριού, αποδίδεται στον ευαγγελιστή Λουκά. Εξαιρετικής ομορφιάς είναι, επίσης, το ξυλόγλυπτο τέμπλο της εκκλησίας βυζαντινής τεχνοτροπίας.