Η διαδρομή από την παραλία της Ύδρας μέχρι το Μοναστήρι της Αγίας Τριάδας είναι περίπου 55 λεπτά. Η Μονή της Αγίας Τριάδας είναι κτισμένη στην κορυφή του βουνού, εκεί που κατέληγε ο δρόμος που κατασκεύασε η Δημογεροντία της Ύδρας τον 18ο αιώνα.
Η ανέγερση της Μονής προσδιορίζεται το 1704 με κτήτορα της, τον ιερέα Αντώνιο Οικονόμου. Ο Αντώνιος άφησε όλη του την περιουσία στη Μονή της Αγίας Τριάδας με διαθήκη του το 1736 .
Ο Παρθένιος υπήρξε ηγούμενος στα τέλη του 18ου αιώνα και ο Χρύσανθος Καρατζάς (1839-1884), ήταν αυτός που επισκεύασε το Μοναστήρι γιατί είχε ερειπωθεί και αγόρασε την γη γύρω από αυτό.
Στην επανάσταση του 1821 η Μονή της Αγίας Τριάδας πρόσφερε οικονομική υποστήριξη στους αγωνιζόμενους Έλληνες. Το 1825, ο Τσάμης Καρατάσσος οχύρωσε το Μοναστήρι για απόκρουση τυχόν εισβολής.
Το 1915 μια μεγάλη σε ένταση θύελλα έκανε φοβερές καταστροφές στην Αγία Τριάδα αφού κατέστρεψε τον τρούλο και ένα μεγάλο μέρος της στέγης του καθολικού. Τις ζημιές της Μονής αποκατέστησε με δικά του έξοδα το 1916 ο μεγάλος Υδραίος ευεργέτης Γκίκας Ν. Κουλούρας.
Την τετραετία 1970-1974 έγινε ανακαίνιση στην Ιερά Μονή της Αγίας Τριάδας με την επίβλεψη του μακαριστού μητροπολίτη Ύδρας Ιερόθεου και εκείνη την εποχή μετατράπηκε σε Οίκο Πατερικής Διακονίας.
Το μοναστηριακό συγκρότημα παρουσιάζει τα χαρακτηριστικά του ορθόδοξου τύπου μοναστηριών, με την βυζαντινού ρυθμού εκκλησία στην μέση και γύρω της τα κτηριακά συγκροτήματα, είσοδος με καμάρα, κήπος, κτίσματα με τραπεζαρία, βιβλιοθήκη, κελιά, ξενώνας κλπ. Οι εικόνες του ναού πιθανότατα να έχουν αγιογραφηθεί από τον υδραίο αγιογράφο Καρατζά.