Η Ιερά Μονή της Αγίας Ευφημίας είναι από τις αρχαιότερες μονές της Κέρκυρας. Σύμφωνα με την τοπική μητρόπολη η μονή ήδη υφίστατο κατά τον 15ο αι., οπότε και έχουμε την πρώτη γραπτή μαρτυρία για την ύπαρξή της, ένα νοταριακό έγγραφο με το οποίο ο Αντώνιος Μοσούλης κληροδότησε στο μοναστήρι κάποια κτήματα.
Η διασωθείσα παράδοση αναφέρει ότι στο σημείο όπου σήμερα είναι κτισμένο το καθολικό της μονής υπήρχε πολύ παλαιότερος ναός αφιερωμένος επίσης στην Αγ. Ευφημία. Στα ερείπια αυτού του παλαιοτάτου ναού βρέθηκε η εικόνα της Αγίας.
Οπως ήταν τότε η γενικότερη πρακτική, εξαιτίας της ενετικής κατοχής η οποία δεν αναγνώριζε ξεχωριστή ορθόδοξη εκκλησιαστική κοινότητα, και αυτό δημιουργούσε εκτός από πνευματικά και μία σειρά άλλων μεγάλων νομικών προβλημάτων, το μοναστήρι ως προς τη νομική του υπόσταση ήταν ιδιόκτητο. Ανήκε δηλαδή κατά κυριότητα σε μία σειρά από φυσικά πρόσωπα, τα οποία το κληροδοτούσαν στους διαδόχους τους.
Ο αναφερόμενος Αντώνιος Μοσούλης υπήρξε ένας από τους πρώτους κτήτορες του μοναστηριού, ενώ μέλη της οικογένειας Μοσούλη υπήρξαν διαδοχικά κτήτορες μέχρι τα τέλη του 16ου αι. Ο τελευταίος κτήτορας από την πλευρά της οικογένειας αυτής υπήρξε ο ιερομόναχος Σάββας Μοσούλης, ο οποίος λόγω της ιδιότητάς του, δεν είχε φυσικούς διαδόχους. Την εποχή όμως που πέθανε, τέλη του 16ου αι., υπήρχε ήδη στο μοναστήρι αδελφότητα μοναχών και ηγουμένης.
Η μέχρι και σήμερα διασωθείσα προφορική παράδοση αναφέρει πως η μονή κτίστηκε κατά τον 14ο αι. από δύο εγγάμους ιερείς, μετά τον θάνατο των οποίων οι πρεσβυτέρες χήρες τους ενδύθηκαν το μοναχικό σχήμα και έζησαν βίο μοναχικό στη μονή.
Μάλιστα, αυτές είχαν συγγένεια κατά σάρκα, ήταν πεθερά και νύφη. Αναφέρεται επίσης πως σε αυτές οφείλεται η ανεύρεση της εικόνας της Αγίας Ευφημίας: κάποια νύχτα η πεθερά είδε στον ύπνο της μία κοπέλα με λευκό μαντήλι στο κεφάλι (έτσι εικονίζεται στην παλαιά αγιογραφία της μονής η Αγ. Ευφημία), η οποία της υπέδειξε την περιοχή όπου βρισκόταν θαμμένη η εικόνα της.
Η πεθερά διηγήθηκε το όνειρό της στη νύφη της και μαζί βρήκαν τον τόπο όπου υποδείχθηκε στο όνειρο. Εκεί, και μέσα στα ερείπια ενός παλαιού ναού, βρήκαν την εικόνα της Αγίας αγιογραφημένη πάνω σε τοίχο, η οποία μέχρι και σήμερα βρίσκεται σε αυτή την ίδια ακριβώς θέση που τη βρήκαν, εντός του σημερινού ναού, στο βόρειο τμήμα του τέμπλου.
Το μοναστήρι, αν και αρχικά και για πολλά χρόνια ιδιόκτητο, ανέκαθεν, από την εγκαταβίωση των πρώτων μοναχών μέχρι και σήμερα, λειτουργούσε ως κοινόβιο. Αυτό που αρχικά λειτουργούσε ως μία παραδεδομένη πρακτική που κληροδοτούσε η μία γενιά στην άλλη, έλαβε τη μορφή γραπτού τυπικού σε διαθήκη ηγουμένης το 1619, η οποία όρισε οι μοναχές να “ζώσι κοινοβιακώς, και όσαι δεν ήθελον να κοινοβιάσουν να εξοστρακίζωνται του μοναστηρίου”.
Η μονή διέθετε μία καλή ακίνητη περιουσία στα προάστια της πόλης και σε χωριά, η οποία όμως με την τουρκική επιδρομή του 1716 επλήγη και συρρικνώθηκε. Πολλές καταστροφές υπέστη κατά καιρούς η Μονή από διάφορες επιδρομές, με μεγαλύτερη αυτή της περιόδου της Γαλλικής κατοχής των Επτανήσων τη διετία 1797-1799, με αποτέλεσμα πολλά κειμήλια και έγγραφα σημαντικά για την ιστορία του μοναστηριού να έχουν καταστραφεί. Οι συχνές επιδρομές είχαν επίσης ως συνέπεια η λεηλατημένη περιουσία της μονής να μην επαρκεί για τη συντήρηση των μοναχών.
Κατά τη διάρκεια του 19ου αι., το Επαρχιακό Συμβούλιο είχε αποφασίσει την τακτική επιδότηση των εγκαταβιούντων στην Αγ. Ευφημία μοναζουσών και μετά την Ενωση το 1864, ο Δήμος Κερκυραίων με προσωπική πρωτοβουλία του τότε δημάρχου Γ. Θεοτόκη, ψήφισε ετήσια χορηγία για το μοναστήρι η οποία όμως, παρ’ όλη την ανέχεια της μονής η οποία διήρκεσε και μέχρι τα μέσα του 20ου αι., πολύ σύντομα έπαψε να δίνεται.
Η μονή είναι κτισμένη σε ένα από τα ομορφότερα σημεία της πόλεως της Κέρκυρας, στην περιοχή του Ανεμόμυλου, στο τέλος του κόλπου της Γαρίτσας, μέσα σε έναν δασώδη λόφο και πολύ κοντά στη θάλασσα. Η ομορφιά του τοπίου αυτού αποτέλεσε πόλο έλξης: στα σύνορα του μοναστηριού και προς την παραλία κτίστηκε το 1828-1832 η θερινή έπαυλη του Αγγλου Αρμοστή.
Αυτή, γνωστή πλέον ως Mon Repo, με την ένωση των Επτανήσων με την Ελλάδα το 1864 παραχωρήθηκε για χρήση στον τότε βασιλιά Γεώργιο Α΄ και από τότε και μέχρι το 1967 χρησιμοποιήθηκε από την πρώην βασιλική οικογένεια ως θερινή κατοικία.
Αυτό όμως δημιούργησε και μία νέα περιπέτεια. Ο βασιλιάς Γεώργιος θέλοντας να διευρύνει το κτήμα της κατοικίας του ενοικίασε μεγάλο τμήμα του μοναστηριού, περιορίζοντας κατά πολύ το μοναστήρι το οποίο μετέτρεψε σε κήπο. Με την αλλαγή του πολιτεύματος, η παλαιά βασιλική περιουσία περιήλθε στο ελληνικό δημόσιο το οποίο την έδωσε στους κατά τόπους δήμους. Το ενοικιασθέν κτήμα λοιπόν της μονής δόθηκε στον δήμο και μέχρι σήμερα αποτελεί κοινόχρηστο δημοτικό χώρο.