Στο Μοναστήρι ασκήτεψε η Οσία Σοφία η Νέα, σύγχρονη Πόντια Αγία,Εδώ φυλάσσονται και τα θαυματουργά λειψανά της.
Είναι χτισμένο σε μια εύφορη κοιλάδα, σε υψόμετρο 970 μέτρων κάτω από το χωριό Κλεισούρα, 35 χιλιόμετρα ανατολικά από την Καστοριά, στα όρια με το νομό Φλωρίνης.
Ιδρύθηκε περίπου στα 1314 από τον Κλεισουριώτη ιερομόναχο Νεόφυτο και ανακαινίστηκε το 1813 από τον επίσης Κλεισουριώτη ιερομόναχο της Μονής Ιβήρων, Ησαΐα, μετά από ένα όραμα που αυτός είδε, της Παναγίας.
Εντός του οικοδομικού μοναστικού συγκροτήματος της Μονής της Κλεισούρας, βρίσκονται τα παρεκκλήσια της Αγίας Παρασκευής αλλά και των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης των Ισαποστόλων.
Επίσης σε απόσταση περίπου 150 μέτρων βρίσκεται το παρεκκλήσιο του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου και Βαπτιστή, ενώ σε υψόμετρο 1300 μέτρων βρίσκεται το Κάθισμα της Αγίας Τριάδος που ιδρύθηκε στα 1813 και είναι το παλαιό ασκητήριο της Μονής.
Κατά τη διάρκεια του Μακεδονικού Αγώνα η Μονή της Κλεισούρας φιλοξένησε και περιέθαλψε πολλούς Μακεδονομάχους με πρώτο τον Παύλο Μελά.
Όταν το 1903 οι Τούρκοι έκαψαν το γειτονικό χωριό Βαρικό πολλοί κάτοικοί του βρήκαν καταφύγιο στο μοναστήρι.
Στα νεότερα χρόνια, το μοναστήρι εγκαταλείφθηκε για να επαναλειτουργήσει από το 1992 ως γυναικεία κοινοβιακή Ιερά Μονή.
Το μοναστήρι εορτάζει στις 8 Σεπτεμβρίου, στο Γενέθλιο της Θεοτόκου και στις 6 Μαίου, ημέρα μνήμης της Οσίας Σοφίας Εν κλεισούρας.