Iερώνυμος και Βαρθολομαίος δεν έχουν και τις καλύτερες των σχέσεων. Παρ΄ όλα αυτά η Αθήνα στηρίζει το Φανάρι στο ουκρανικό παρά το γεγονός ότι αυτή η στάση την φέρνει απέναντι στη Ρωσία. Με τη συμπλήρωση των 30 χρόνων από την εκλογή του κ. Βαρθολομαίου στον πατριαρχικό θρόνο η Εκκλησία της Ελλάδος με πρόταση του κ. Ιερώνυμου αποφάσισε να διοργανώσει τιμητικές εκδηλώσεις. Όμως ο κ. Βαρθολομαίος, αν και οι εκδηλώσεις θα έριχναν γέφυρες, λόγω του ταξιδιού του στην Αμερική αρνήθηκε ευγενικά να παραστεί. Tελευταίες πληροφορίες αναφέρουν ότι ο Πατριάρχης θα έρθει τελικά στην Αθήνα στις 21 Νοεμβρίου όπου θα συλλειτουργήσει με τον κ. Ιερώνυμο.
Όλα μπορεί να είναι σύμπτωση αλλά κανείς δεν θα πρέπει να αγνοεί το γεγονός ότι το Φανάρι τον περασμένο Μάρτιο έστειλε επιστολή στον Ιερώνυμο με την οποία του υπενθυμίζει ότι θα πρέπει να τηρηθούν όλα όσα περιλαμβάνονται στην Συνοδική Πράξη του 1928 με την οποία παραχωρήθηκαν στην Εκκλησία της Ελλάδας οι Νέες Χώρες (Οι περιοχές που απελευθερώθηκαν μετά το 1912).
Η επιστολή Βαρθολομαίου έρχεται σε μία περίοδο όπου η Ιερά Σύνοδος εκλέξει τουλάχιστον τρείς μητροπολίτες που για τις μητροπόλεις που ανήκουν στις νέες χώρες. Αυτό πρακτικά σημαίνει ότι το Φανάρι θα πρέπει να ενημερώνεται για τους τρείς επικρατέστερους προς αρχιερατείαν και να τον εγκρίνει. Οι μητροπόλεις είναι της Καστορίας, του Κιλκισίου και του Λαγκαδά. Η Εκκλησία της Ελλάδος δεν φαίνεται να έχει πρόβλημα με αυτό, αλλά έχει ενοχληθεί από την επιστολή Βαρθολομαίου και για τον λόγο αυτό,σύμφωνα και με το Focus, ο Ιερώνυμος συναντήθηκε με τον πρωθυπουργό στο Μαξίμου όπου εκτός του κορωνοϊού συζήτησαν και αυτό το θέμα.
Και οι δύο, σύμφωνα με πληροφορίες, κατέληξαν πως θα πρέπει να αποφευχθούν οποιεσδήποτε συγκρούσεις σε μια δύσκολη περίοδο για το Οικουμενικό Πατριαρχείο το οποίο βάλλεται από τη Ρωσική Εκκλησία,ενώ στην Πόλη είναι πολλά τα προβλήματα κυρίως μετά την μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τζαμί.
Εκτός της πλήρωσης των κενών θέσεων στις μητροπόλεις υπάρχει και το θέμα των σταυροπηγιακών μονών. Πρόκειται για τις πολλές μονές οι οποίες ανήκαν στο Πατριαρχείο. Σε αυτές ο κ. Βαρθολομαίος θέλει να έχει ουσιαστικό λόγο κάτι που ενοχλεί και εκνευρίζει την Αθήνα. Στην επιστολή προς τον κ. Ιερώνυμο πολλές φορές γίνονται αναφορές στα σταυροπήγια.
Ο Αρχιεπίσκοπος επέλεξε να μη δώσει αφορμές για εντάσεις αλλά, σύμφωνα με πληροφορίες, ακολουθώντας τη λογική να "πάει η μπάλα παρακάτω", δεν έχει απαντήσει επί της ουσίας.
Είναι χαρακτηριστικό πως η επιστολή του Πατριάρχη διαβάστηκε στα μέλη της Διαρκούς Συνόδου μόλις στην τελευταία συνεδρίασή της τον προηγούμενο Αύγουστο χωρίς και πάλι να ληφθεί απόφαση ή να συνταχθεί απάντηση.
Λίγες μέρες πριν την συνεδρίαση της ΔΙΣ όπου διαβάστηκε η επιστολή, σε ένα Σταυροπήγιο της Βόρειας Ελλάδας, τη Μονή του Αγίου Νικάνορα στη Ζάβορδα της Μητρόπολης Γρεβενών, το νούμερο δύο του Οικουμενικού Πατριαρχείου, ο μητροπολίτης Γέρων Χαλκηδόνος Εμμανουήλ, εξηγούσε από θρόνου στους παριστάμενους κληρικούς και λαϊκούς που συμμετείχαν στον εορτασμό της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος την ερμηνεία που δίνει το Φανάρι στα όσα προβλέπει η Πράξη για τα Σταυροπήγια.
Τα όσα είπε σε εκείνη τη Θ. Λειτουργία ο κ. Εμμανουήλ ήταν αποκαλυπτικά και ενδεικτικά του χάσματος στην ερμηνεία των δυο Εκκλησιών επί του όρου 10 της Πράξης.
Αυτό που είπε ουσιαστικά ο μητροπολίτης Χαλκηδόνος ήταν πως το συγκεκριμένο μοναστήρι όπως και όλα τα Σταυροπήγια συνδέονται απευθείας με το Πατριαρχείο, αφού αποτελεί «προέκταση των αυλών του Φαναρίου και του Πατριαρχικού Ναού» ξεκαθαρίζοντας πως ούτε ο τοπικός μητροπολίτης ούτε άλλος έχει την παραμικρή αρμοδιότητα επί της Μονής εκτός του ίδιου του Οικουμενικού Πατριάρχη.
Σύμφωνα με τον δέκατο όρο της Πράξης: «Διατηρούνται απαραμείωτα τα κανονικά δικαιώματα του Οικουμενικού Πατριάρχου επί των εν Ελλάδι Ιερών Πατριαρχικών και Σταυροπηγιακών Μονών, μνημονευομένου εν αυταίς του ονόματος του Οικουμενικού Πατριάρχου και εκάστοτε υπό της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος διά του Προέδρου αυτής ανακοινουμένης προς τον Οικουμενικόν Πατριάρχην της εκλογής των νέων Ηγουμενοσυμβουλίων των Μονών τούτων. Αλλ̓ η διοίκησις όμως των Μονών και η εν γένει διαχείρισις και ο επ̓ αυτών έλεγχος υπάγονται υπό την άμεσον δικαιοδοσίαν της Αγιωτάτης Εκκλησίας της Ελλάδος, εφαρμοζούσης και επί των Μονών τούτων τας ισχυούσας διά τας εν τη ιδία αυτής περιοχή Ιεράς Μονάς διατάξεις. Η διάλυσις όμως τυχόν ή η συγχώνευσις Πατριαρχικής τινός Σταυροπηγιακής Μονής διενεργείται πάντοτε μετά προηγουμένην συνεννόησιν προς το Οικουμενικόν Πατριαρχείον».
Το θέμα ''καίει" την Αθήνα από τον Νοέμβριο του 2019 όταν η Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου εξέλεξε επισκόπους τους ηγουμένους δύο Πατριαρχικών Σταυροπηγίων στην Κρήτη. Ο ένας ήταν ο ηγούμενος της Μονής Γουβερνέτου ο οποίος έλαβε τον τίτλο Ευμενείας και ο έτερος ο ηγούμενος της Μονής των Τζαγκαρόλων που έλαβε τον τίτλο Δορυλαίου. Οι δυο νέοι επίσκοποι δεν εντάχθηκαν στο δυναμικό της Εκκλησίας Κρήτης αλλά ως ηγούμενοι Σταυροπηγίων υπάγονται απευθείας στην δικαιοδοσία του Οικουμενικού. Σήμερα στα Χανιά υπάρχουν τρεις αρχιερείς υπο διαφορετικό καθεστώς.
Μια τέτοια εξέλιξη θα ήταν εφιαλτική για τον κ. Ιερώνυμο, δηλαδή να εκλέξει το φανάρι επισκόπους και να τους τοποθετήσει σε σταυροπηγιακές μονές. Μια τέτοια εξέλιξη θα αποτελούσε αιτία πολέμου μεταξύ "μητρός και θυγατρός".