Στην CIA και στη δεκαετία του 1960 αποδίδει τη θεωρία της "Τρίτης Ρώμης" ο υπεύθυνος των διεθνών σχέσεων του Πατριαρχείου Μόσχας μητροπολίτης του Βολοκολάμσκ κ.Ιλαρίων.
Ο κ.Ιλαρίων επαναφέρει τα περί "υπόγειων διαδρομών" των μυστικών υπηρεσιών των ΗΠΑ με το Φανάρι τονίζοντας ωστόσο οτι η Μόσχα δεν έχει βλέψεις: "το να δηλώσουμε ότι η Ρωσική Εκκλησία στις δράσεις της καθοδηγείται από την ιδεολογία της «Τρίτης Ρώμης» είναι σαν να λέει ότι το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης πως αγωνίζεται για την πραγματοποίηση της λεγόμενης «Μεγάλης Ιδέας»”.
Με αφορμή τις τελευταίες δηλώσεις του οικουμενικού Πατριάρχειο σε γεωργιανό ΜΜΕ όπου κατηγόρησε τη Ρωσική Εκκλησία ότι θέλει να γίνει “Τρίτη Ρώμη” σε συνέντευξη στο RIA Novosti τόνισε πως δεν επιθυμεί η Ρωσική Εκκλησία να γίνει ηγέτης του Ορθόδοξου κόσμου κατηγορώντας το Φανάρι για περίεργες σεχέσεις:
«Αυτή είναι ξεπερασμένη ρητορική από τον Ψυχρό Πόλεμο της δεκαετίας του 1960. Πέρυσι, η CIA αποχαρακτήρισε και στη συνέχεια δημοσίευσε διάφορα ενδιαφέροντα έγγραφα που αποκαλύπτουν πληροφορίες για αυτό το θέμα. Εκείνη την εποχή, η υπηρεσία πληροφοριών των Ηνωμένων Πολιτειών διερευνούσε ενεργά τις επαφές του Οικουμενικού Πατριάρχη έχοντας την ιδέα ότι το Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης θα μπορούσε να είναι χρήσιμο ως αντιστάθμισμα της σοβιετικής επιρροής στον Ορθόδοξο κόσμο. Τότε άρχισαν να εμφανίζονται επιχειρήματα ότι η Ρωσική Εκκλησία λαχταρά το πρωτείο στον κόσμο της Ορθοδοξίας, ότι κηρύττουμε την ιδεολογία της «Τρίτης Ρώμης». Στη συνέχεια, οι σχετικές θέσεις διατυπώθηκαν στις επαφές της ηγεσίας του Φαναρίου με Αμερικανούς διπλωμάτες”
Με αφορμή την αυτοκεφαλία της Ουκρανίας ο κ.Ιλαρίων ανέφερε:
“Η Ρωσική Εκκλησία δεν θέλει να είναι η πρώτη στον Ορθόδοξο κόσμο. Αυτό είναι ένα καθαρό μυθολογικό σχήμα, και το έχω πει πολλές φορές. Είμαστε αρκετά ικανοποιημένοι με τη θέση μας στα δίπτυχα. Η επίσημη θέση μας σχετικά με το πρωτείο στην Ορθόδοξη Εκκλησία παρατίθεται σε ένα έγγραφο που υιοθέτησε η Ιερά Σύνοδος το 2007. Πριν από την αναγκαστική διακοπή της κοινωνίας με την Κωνσταντινούπολη, αναγνωρίσαμε επίσης την τιμητική υπεροχή της Κωνσταντινούπολης , σύμφωνα με τη διατύπωση των κανόνων των Οικουμενικών Συνόδων. Δεν υπάρχει ούτε ένα επίσημο έγγραφο της Ρωσικής Εκκλησίας, ούτε μια επίσημη δήλωση, ούτε μια ομιλία του πατριάρχη, που να δηλώνει ότι η Μόσχα είναι η Τρίτη Ρώμη” .
Απαντώντας τα περί " Τρίτης Ρώμης" τόνισε:
“Το να δηλώσουμε ότι η Ρωσική Εκκλησία στις δράσεις της καθοδηγείται από την ιδεολογία της «Τρίτης Ρώμης» είναι σαν να λέει ότι το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης πως αγωνίζεται για την πραγματοποίηση της λεγόμενης «Μεγάλης Ιδέας» (την αποκατάσταση του ελληνικού κράτους εντός τα πρώην σύνορα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας). Η μόνη διαφορά είναι ότι ανάμεσα στους Πατριάρχες της Κωνσταντινούπολης τον 20ο αιώνα υπήρχαν πραγματικά οπαδοί της «Μεγάλης Ιδέας» και πρώτα απ 'όλα, ο Πατριάρχης Μελέτιος (Μεταξάκης). Αλλά μεταξύ των πατριαρχών της Μόσχας δεν υπήρχε ούτε ένας που θα εξέφραζε υποστήριξη για την ιδέα της «Τρίτης Ρώμης»” .
Σε ερώτηση αν συμφωνεί με τη θέση του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου ότι η Ρωσική Εκκλησία "δεν έχει κανένα δικαίωμα να παραχωρήσει αυτοκεφαλία ούτε στην Αμπχαζία ούτε σε κανέναν άλλο" είπε:
“Η Ρωσική Εκκλησία δεν ισχυρίστηκε ποτέ πως έχει το δικαίωμα να παραχωρήσει την αυτοκεφαλία "σε οποιονδήποτε γενικά". Η Κωνσταντινούπολη διεκδικεί το δικαίωμα να παραχωρήσει αυτοκεφαλία σε οποιονδήποτε. Αλλά στην ιστορία, η αυτοκεφαλίαπαραχωρήθηκε όχι μόνο από το Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης. Για παράδειγμα, η αυτοκεφαλίατης αρχαίας Γεωργιανής Εκκλησίας παραχωρήθηκε από το Πατριαρχείο Αντιοχείας. Η Αμπχαζία και η Νότια Οσετία αναγνωρίζονται ως κανονικά εδάφη του Γεωργιανού Πατριαρχείου και η Ρωσική Εκκλησία δεν το αμφισβήτησε ποτέ”.
Για την κατηγορία Βαρθολομαίου πως η Ρωσική Εκκλησία της διασποράς είναι “ψευτο-αυτοκέφαλη” και για το γιατί η Ρωσική Εκκλησία κάποτε χορήγησε αυτοκεφαλία στις κοινότητές της στη Βόρεια Αμερική ο Ιλαρίων διευκρίνισε:
“Ναι, επειδή η Ορθοδοξία στη Βόρεια Αμερική γεννήθηκε χάρη στο κήρυγμα Ρώσων μοναχών και Ρώσων ιεραποστόλων. Χάρη στις ανιδιοτελείς προσπάθειές τους και το εύρος των ιεραποστολικών οριζόντων τους, η Ορθόδοξη Εκκλησία της Αμερικής δεν απομονώθηκε στο πλαίσιο μιας εθνικής παράδοσης, αλλά κατάφερε να ενσωματωθεί βαθιά στη ζωή της χώρας της. Τώρα είναι μια εντελώς ανεξάρτητη και πρωτότυπη Εκκλησία” και αρνήθηκε κατηγορηματικά πως το Πατριαρχείο της Μόσχας είχε καμία επιθυμία να αποκτήσει επιρροή στην "πλουσιότερη Ορθόδοξη κοινότητα στην Αμερική".
Κλείνοντας ο κ.Ιλαρίων επανέφερε για μια ακόμη φορά το θέμα του διαλόγου: “Εάν θέλουμε να αποκαταστήσουμε την ενότητα της Ορθοδοξίας, χρειαζόμαστε έναν διάλογο”