Η Ιερά Μονή της Αγίας Ευφημίας είναι από τις αρχαιότερες μονές της Κέρκυρας. Η μονή ήδη υφίστατο κατά τον 15ο αι, οπότε και έχουμε την πρώτη γραπτή μαρτυρία για την ύπαρξή της, ένα νοταρικό έγγραφο με το οποίο ο Αντώνιος Μοσούλης κληροδότησε στο μοναστήρι κάποια κτήματα. Η διασωθείσα παράδοση αναφέρει ότι στο σημείο όπου σήμερα είναι κτισμένο το καθολικό της μονής υπήρχε πολύ παλαιότερος ναός αφιερωμένος επίσης στην Αγ. Ευφημία. Στα ερείπια αυτού του παλαιοτάτου ναού βρέθηκα η εικόνα της Αγίας.
Εξαιτίας της ενετικής κατοχής η οποία δεν αναγνώριζε ξεχωριστή ορθόδοξη εκκλησιαστική κοινότητα, και αυτό δημιουργούσε εκτός από πνευματικά και μία σειρά άλλων μεγάλων νομικών προβλημάτων, το μοναστήρι ως προς τη νομική του υπόσταση ήταν ιδιόκτητο. Ο Αντώνιος Μοσούλης υπήρξε ένας από τους πρώτους κτήτορες του μοναστηριού, ενώ μέλη της οικογένειας Μοσούλη υπήρξαν διαδοχικά κτήτορες μέχρι τα τέλη του 16ου αι. Ο τελευταίος κτήτορας από την πλευρά της οικογένειας αυτής υπήρξε ο ιερομόναχος Σάββας Μοσούλης, ο οποίος, λόγω της ιδιότητάς του, δεν είχε φυσικούς διαδόχους. Την εποχή όμως που πέθανε, τέλη του 16ου αι, υπήρχε ήδη στο μοναστήρι αδελφότητα μοναχών και ηγουμένης.
Η μέχρι και σήμερα διασωθείσα προφορική παράδοση αναφέρει πως η μονή κτίστηκε κατά το 14ο αι. από δύο εγγάμους ιερείς, μετά το θάνατο των οποίων οι πρεσβυτέρες χήρες τους ενδύθηκαν το μοναχικό σχήμα. Μάλιστα, αυτές είχαν συγγένεια κατά σάρκα, ήταν πεθερά και νύφη. Αναφέρεται επίσης πως σε αυτές οφείλεται η ανεύρεση της εικόνας της Αγίας Ευφημίας: κάποια νύχτα η πεθερά είδε στον ύπνο της μία κοπέλα με λευκό μαντήλι στο κεφάλι (έτσι εικονίζεται στην παλαιά αγιογραφία της μονής η Αγ. Ευφημία), η οποία της υπέδειξε την περιοχή όπου βρισκόταν θαμένη η εικόνα της. Η πεθερά διηγήθηκε το όνειρό της στη νύφη της, και μαζί βρήκαν τον τόπο όπου υποδείχτηκε στο όνειρο. Εκεί, και μέσα στα ερείπια ενός παλαιού ναού, βρήκαν την εικόνα της Αγίας, αγιογραφημένη πάνω σε τοίχο, η οποία μέχρι και σήμερα βρίσκεται σε αυτή την ίδια ακριβώς θέση που τη βρήκαν, εντός του σημερινού ναού, στο βόρειο τμήμα του τέμπλου.
Το μοναστήρι, αν και αρχικά και για πολλά χρόνια ιδιόκτητο, ανέκαθεν, από την εγκαταβίωση των πρώτων μοναχών μέχρι και σήμερα, λειτουργούσε ως κοινόβιο. Διέθετε μία καλή ακίνητη περιουσία στα προάστια της πόλης και σε χωριά η οποία όμως με την τουρκική επιδρομή του 1716 επλήγη και συρρικνώθηκε. Πολλές καταστροφές υπέστη κατά καιρούς η Μονή από διάφορες επιδρομές, με μεγαλύτερη αυτή της περιόδου της Γαλλικής κατοχής των Επτανήσων τη διετία 1797-1799, με αποτέλεσμα πολλά κειμήλια και έγγραφα σημαντικά για την ιστορία του μοναστηριού να έχουν καταστραφεί. Οι συχνές επιδρομές είχαν επίσης ως συνέπεια η λεηλατημένη περιουσία της μονής να μην επαρκεί για τη συντήρηση των μοναχών. Κατά τη διάρκεια του 19ου αι, το Επαρχιακό Συμβούλιο είχε αποφασίσει την τακτική επιδότητση των εγκαταβιούντων στην Αγ. Ευφημία μοναζουσών, και μετά την Ένωση το 1864 ο Δήμος Κερκυραίων, με προσωπική πρωτοβουλία του τότε δημάρχου Γ. Θεοτόκη, ψήφισε ετήσια χορηγία για το μοναστήρι, η οποία όμως, παρόλη την ανέχεια της μονής η οποία διήρκησε και μέχρι τα μέσα του 20ου αι, πολύ σύντομα έπαψε να δίνεται.
Παρόλες τις δυσκολίες η μονή διατηρούσε πάντοτε μία δραστήρια πνευματικά αδελφότητα μοναζουσών. Σε παλαιότερες εποχές η αδελφότητα αυτή έφτανε να αριθμεί αρκετά μέλη, στα μέσα του 19 αι. είναι καταγεγραμμένες 16 μοναχές. Σήμερα έχουν μείνει δύο. Η Μονή Αγ. Ευφημίας είχε μετόχι της το πολύ γνωστό εκκλησάκι της Παναγίας των Βλαχερνών, που βρίσκεται σε ένα νησάκι στον κόλπο του Κανονιού, και ενώνεται με τη στεριά με μία πολύ στενή λωρίδα γης, και σήμερα αποτελεί ίσως το πιο διάσημο και φωτογραφημένο αξιοθέατο της Κέρκυρας. Το μετόχι αυτό η μονή το έδωσε στην Ιερά Μητρόπολη Κερκύρας, και η εκεί εγκαταβιούσα μοναχή εισήλθε και εγκαταβίωσε στην αδελφότητα της Αγ. Ευφημίας.
Η μονή είναι κτισμένη σε ένα από τα ομορφότερα σημεία της πόλεως της Κέρκυρας, στην περιοχή του Ανεμόμυλου, στο τέλος του κόλπου της Γαρίτσας, μέσα σε ένα δασώδη λόφο και πολύ κοντά στη θάλασσα. Η ομορφιά του τοπίου αυτού αποτέλεσε πόλο έλξης: στα σύνορα του μοναστηριού και προς την παραλία κτίστηκε το 1828-1832 η θερινή έπαυλη του Άγγλου Αρμοστή. Αυτή, γνωστή πλέον ως Mon Repo, με την ένωση των Επτανήσων με την Ελλάδα το 1864 παραχωρήθηκε για χρήση στον τότε βασιλιά Γεώργιο Α΄, και από τότε και μέχρι το 1967 χρησιμοποιήθηκε από την πρώην βασιλική οικογένεια ως θερινή κατοικία. Αυτό όμως δημιούργησε και μία νέα περιπέτεια. Ο βασιλιάς Γεώργιος θέλησε να διευρύνει το κτήμα της κατοικίας του ενοικίασε μεγάλο τμήμα του μοναστηριού, περιορίζοντας κατά πολύ το μοναστήρι, το οποίο μετέτρεψε σε κήπο. Με την αλλαγή του πολιτεύματος, η παλαιά βασιλική περιουσία περιήλθε στο ελληνικό δημόσιο, το οποίο την έδωσε στους κατά τόπους δήμους, το ενοικιασθέν κτήμα λοιπόν της μονής δόθηκε στο δήμο και μέχρι σήμερα αποτελεί κοινόχρηστο δημοτικό χώρο.
Το καθολικό της μονής είναι ένας απλός και μικρός ναός ρυθμού βασιλικής. Έχει τέμπλο μαρμάρινο, στο οποίο σώζεται στο βόρειο τμήμα του η παλαιά τοιχογραφία της Αγ. Ευφημίας, ενώ στο νότιο μιά παλαιά τοιχογραφία του Αγ. Παντελεήμονος. Στο ιερό βήμα του καθολικού φυλάσσεται τεμάχιο του Ιερού Λειψάνου της Αγ. Ευφημίας, το οποίο προσφέρεται για προσκύνηση και ευλογία των πιστών δύο φορές το χρόνο, 11 Ιουλίου και 16 Σεπτεμβρίου, ημέρες εορτής της Μονής.
Ανέκαθεν η αδελφότητα της μονής είχε ως εργόχειρο αυτό που η παράδοση αναφέρει ως ασχολία της Αγίας (λέγεται ότι η Αγία Ευφημία, νέα κοπέλα, ήταν ραφτοπούλα), τον αργαλειό. Επίσης οι αδελφές απασχολούνταν στη μελισσοκομία, την κτηνοτροφία και την καλλιέργεια των λιγοστών ελαιώνων της μονής. Η κτηνοτροφία και η ελαιοκομία αποτελούν και σήμερα την κύρια απασχόληση της μικρής αδελφότητας.