Στις νοτιοδυτικές υπώρειες του βουνού με τις 100 πηγές, του Κέντρους, είναι κτισμένο το Μοναστήρι του Αγίου Πνεύματος σε μικρή απόσταση από τον οικισμό του Κισσού, στην πρώην επαρχία Αγίου Βασιλείου, στο Ρέθυμνο.
Σύμφωνα με όσα έχουν γραφεί η μονή λειτούργησε ως κρυφό σχολειό στην αρχή, ιεροδιδασκαλείο αργότερα, μοναδικό επαρχιακό κέντρο μαθήσεως επί επισκόπου Νικοδήμου και μεταγενέστερα, επί Ευμενίου, το πρώτο στην Κρήτη πολιτισμένο εκπαιδευτήριο-οικοτροφείο μέσης παιδείας.
Σε ότι αφορά στην ίδρυση της Μονής η παράδοση κάνει λόγο για την Αρχόντισσα Μαρία ή Αιγιδού Μαρία, όνομα που της δόθηκε εξαιτίας του τεράστιου κοπαδιού με αίγες που είχε στην ιδιοκτησία της. Η γυναίκα αυτή, που είχε βυζαντινή καταγωγή, φέρεται να έζησε κάπου στον 13ο με 14ο αιώνα και να ίδρυσε το μοναστήρι.
Η περιουσία της ήταν μεγάλη και δεν είχε κάνει τη δική της οικογένεια, έτσι ίδρυσε στην κτηματική της περιφέρεια το μοναστήρι και το προίκισε μετατρέποντας το σε κέντρο πνευματικό με την ίδια να μονάζει σε αυτό. Μάλιστα λέγεται πως εκεί πέθανε και τάφηκε.
Είναι βέβαιο, με βάση τα ενετικά αρχεία, πως η Ιερά Μονή του Αγίου Πνεύματος υπήρχε και λειτουργούσε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας στην Κρήτη και προϋπήρχε των χρονολογιών 1635 και 1640 που συντάχθηκαν τα σχετικά έγγραφα.
Όταν η Κρήτη καταλήφθηκε από τους Οθωμανούς η Μονή συνέχισε να υπάρχει, όμως στις 15 Ιουνίου του 1821 ο αιμοσταγής Ντελής Μουσταφάς και οι ακολουθούντες αυτόν Αμπαδιώτες Τούρκοι κατέστρεψαν ολοκληρωτικά το μοναστήρι. Είναι μάλιστα η πρώτη Μονή η οποία πυρπολείται από τούρκικα στρατεύματα στην μακρά περίοδο των κρητικών επαναστάσεων.
Λέγεται πως ήταν τέτοιο το μένος τους που το μετέτρεψαν σε ένα άμορφο σωρό ερειπίων ενώ κατέσφαξαν τους μοναχούς του και συγκεκριμένα τον Ηγούμενο και άλλους τέσσερις καλόγερους.
Οι χριστιανοί από τον Κισσό μόλις έφυγαν από τη Μονή οι Τούρκοι βρήκαν τους νεκρούς κι έσκαψαν ένα τάφο στην αυλή της, δύο μέτρα ανατολικά από το Άγιο Βήμα, όπου τους έθαψαν. Σήμερα τα οστά τους τα βλέπουμε σε ειδική προθήκη μέσα στο ναό με τη Μονή του Αγίου Πνεύματος να τιμά τους Αγίους Πέντε Πατέρες της κάθε χρόνο στις 15 Ιουνίου.
Το μόνο κτίσμα που διασώθηκε τότε ήταν ο δίκλιτος ναός (Αγίου Νικολάου και Αγίου Πνεύματος) κι αυτός με πολλές πληγές. Τα τραύματα του αποκαλύφθηκαν όταν η Εφορία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, στις αρχές του 1997, αφαίρεσε τα εξωτερικά επιχρίσματα και φάνηκαν οι τεράστιες ρωγμές, η αλλοίωση των δομικών υλικών από την υπερθέρμανση και η μαυρίλα από την πυρπόληση.
Αφότου η Μονή πυρπολήθηκε η περιουσία της πέρασε στα χέρια των Τούρκων ενώ ότι απέμεινε από εκείνη προσαρτήθηκε ως Μετόχι στη Μονή Πρέβελη.
Το 1836 παρέμενε ένας σωρός από ερείπια και ο τότε Επίσκοπος Λάμπης και Σφακίων Νικόδημος επιχείρησε να την αναστήσει ιδρύοντας την πρώτη και μόνη σχολή στην επαρχία που έμεινε γνωστή ως Σχολή του Αγίου Πνεύματος. Το 1870 η σχολή προήχθη σε Ελληνική Σχολή Αγίου Βασιλείου.
Το 1887 ο Επίσκοπος Ευμένος Ξηρουδάκης μετέφερε την έδρα του από τη Λαμπινή, όπου δεν υπήρχε ασφάλεια λόγω Τούρκων, στο Άγιο Πνεύμα και με δικά του χρήματα άρχισε το 1894 να κτίζεται στο χώρο της Μονής το περικαλές Επισκοπείο.
Το 1979 το Υπουργείο Πολιτισμού ανακήρυξε ως ιστορικό διατηρητέο το σύνολο των κτισμάτων της Μονής του Αγίου Πνεύματος.
Να σημειωθεί πως στον περιβάλλοντα χώρο της Μονής υπάρχει μνημείο πεσόντων προς τιμήν των διακοσίων εθελοντών αγωνιστών που έπεσαν ηρωικά πολεμώντας τους Τούρκους στις 5 Δεκεμβρίου 1868.
Ήταν το στρατιωτικό σώμα του Δημητρίου Πετροπουλάκη, που ήρθε στην Κρήτη για να βοηθήσει τους επαναστατημένους Κρητικούς. Επίσης σε περίοπτη θέση στην αυλή δεσπόζει μια όμορφη κρήνη.