Το μοναστήρι χτίσθηκε ίσως λίγο μετά το πέρασμα του λειψάνου του Αγίου Νικολάου και από τη Λευκάδα , καθώς το μετέφεραν οι Σταυροφόροι από τα Μύρα της Μ. Ασίας προς το Μπάρι της Ιταλίας.
Ιστορικές πληροφορίες υπάρχουν για την ανακαίνισή του τον 17ο αι. από τον πρώην Επίσκοπο Παραμυθίας Κλήμη. Αργότερα περιήλθε σε οικογένειες του γειτονικού χωριού Αθάνι, οι οποίες αφιέρωσαν στη Μονή αρκετά κτήματα. Τη διοίκηση της Μονής είχαν οι οικογένειες των κτητόρων.
Πολλές φορές η δυσπρόσιτη, παλαιότερα, Μονή του Αγίου Νικολάου χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας κληρικών. Προσέφερε σπουδαία πνευματική και υλική στήριξη στους κατοίκους της γύρω περιοχής στα χρόνια της ξενικής κατοχής και αργότερα. Στα τέλη του 19ου αι. πραγματοποιήθηκαν σημαντικές ανακαινιστικές εργασίες με την επιστασία του δραστήριου ηγουμένου της Μονής, ιερομονάχου Παγκρατίου Κατωπόδη. Σήμερα θεωρείται γυναικεία μονή εν ενεργεία.
Στο καθολικό της Μονής σώζεται σχεδόν ανέπαφο το καταπληκτικό τέμπλο, έργο του Ανδρέα Μπέτζου .
Επίσης, στη Μονή ανήκει η μοναδικής τέχνης εικόνα του Αγ. Νικολάου , διά χειρός Δημητρίου Φώσκαρη. Έξω από το μοναστήρι σώζεται παλιό αλώνι και πέτρινες κυψέλες για μελίσσια, που αφθονούν στην περιοχή, χάρη στο άφθονο θυμάρι που φυτρώνει γύρω.
.