Η Ιερά Μονή του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου χτίστηκε το 1506-1507 στην ανατολική πλευρά του Νησιού από τους αδελφούς Ιερομονάχους Αψαράδες, το Νεκτάριο και το Θεοφάνη. Πληροφορίες σχετικά με την Ιερά Μονή λαμβάνουμε από την αυτοβιογραφία των δύο κτητόρων. Το 1505 επέλεξαν τη θέση Γούβα, κοντά στην όχθη της λίμνης, όπου παλαιότερα υπήρχε Ναϋδριο, και βρισκόταν κοντά στο ησυχαστήριο του Αγίου Παντελεήμονος, για να ανεγείρουν την Ιερά Μονή. Το Καθολικό χτίστηκε σε επαφή με τη σπηλιά, καθώς και τα κελιά, τα οποία σήμερα δε σώζονται στην αρχική τους κατάσταση.
Παράλληλα με την ανέγερση του Καθολικού της Ιεράς Μονής του Προδρόμου, οι δύο αδελφοί φρόντισαν και για την ανακαίνιση της Ιεράς Μονής του Αγίου Νικολάου «εν τω Λεπενώ», που είχε ιδρύσει πιθανόν ο πατέρας τους, καθώς και για την κατασκευή κελιού για τις τρεις αδελφές τους, επίσης Μοναχές, στο Νησί.
Το 1510-1511 οι δύο Ιερομόναχοι αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την Ιερά Μονή και να καταφύγουν στα Μετέωρα. Τα επόμενα χρόνια δεν υπάρχουν πληροφορίες για την Ιερά Μονή του Προδρόμου. Το 1789 το Καθολικό τοιχογραφήθηκε με τη φροντίδα του Ηγουμένου Αναστασίου και δαπάνη της συντεχνίας των κρασοπούλων, η οποία είχε προστάτη της τον Άγιο Ιωάννη Πρόδρομο.
Το 1821-1822 κατά την πολιορκία του Αλή πασά από τα σουλτανικά στρατεύματα η Ιερά Μονή υπέστη καταστροφές. Το 1824 και το 1891επιδιορθώθηκαν οι τοιχογραφίες του Καθολικού, με δαπάνη των συντεχνιών των χανιτζήδων και των κρασοπούλων, που εκκλησιάζονταν τακτικά στη Μονή του «Αϊ-Γιαννόπουλου», όπως ονόμαζαν το Μοναστήρι του Προδρόμου.
Από το μοναστηριακό συγκρότημα σώζεται μόνο το Καθολικό. Τα κελιά είναι νεότερα και έχουν πρόσφατα αναστηλωθεί. Ο Ιερός Ναός είναι χτισμένος σε ένα σπάνιο αρχιτεκτονικό ρυθμό, που συνδυάζει στοιχεία από τον σταυρεπίστεγο και τον αγιορείτικο ή αθωνίτικο τύπο.
Οι τοιχογραφίες στο εσωτερικό του Ιερού Ναού χρονολογούνται στο 1789, σύμφωνα με σχετική επιγραφή πάνω από τη δυτική είσοδο. Η αγιογράφηση έγινε με δαπάνες του Ηγουμένου Αναστασίου και του Βασίλειου Βαλκάνου και των λοιπών μελών του ρουφετίου (συντεχνίας) των κρασοπούλων.
Το σημερινό ξυλόγλυπτο τέμπλο τοποθετήθηκε το 1789. Σε αυτό έχουν προσαρμοστεί και κομμάτια από το αρχικό τέμπλο του 16ου αιώνα. Από το αρχικό τέμπλο προέρχεται η δεσποτική εικόνα του ένθρονου Χριστού, που χρονολογείται στις αρχές του 16ου αιώνα, η οποία φυλάσσεται στο παρεκκλήσι του Μητροπολιτικού Μεγάρου. Επίσης από την Ιερά Μονή Προδρόμου προέρχεται μια σπάνια εικόνα του ομώνυμου Αγίου με σκηνές από το βίο του.