Η εκκλησία της Παναγίας για εκατοντάδες χρόνια ήταν καθολικό ανδρικού μοναστηριού, της Μονής Σκριπούς. Μάλιστα μέχρι σήμερα σώζεται η ωραιότατη πύλη του μοναστηριού και μια πτέρυγα από τα παλιά κελιά της Μονής. Για την ιστορία του μοναστηριού δυστυχώς δεν γνωρίζουμε πάρα πολλά πράγματα, αλλά έχουμε κάποιες σκόρπιες πληροφορίες.
Η τεράστια περιουσία του μοναστηριού του έδινε τη δυνατότητα να αναπτύσσει σημαντικότατο έργο. Αναφέρεται ότι μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας βρέθηκαν στην κατοχή της μονής Σκριπούς εξήντα χιλιάδες στρέμματα γης. Βέβαια, αυτή η περιουσία δεν υπάρχει πια, γιατί κατά καιρούς μοιράστηκε στους ακτήμονες της περιοχής.
Από εκεί υπήρχε μία δεύτερη σήραγγα, η οποία οδηγούσε στην αρχαία Ακρόπολη του Ορχομενού. Οι μοναχοί έβαζαν τα παιδιά μέσα στη σήραγγα αυτή και έκλειναν την καταπακτή. Όταν κατέφθαναν Τούρκοι, έψαχναν για παιδιά, αλλά αυτά, είχαν ήδη οδηγηθεί ψηλά στο λόφο. Το μυστικό αυτό ουδέποτε προδόθηκε καθ’ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας και οι Τούρκοι ποτέ δεν ανακάλυψαν την καταπακτή. Δυστυχώς όμως οι πατέρες του μοναστηριού πολλές φορές πλήρωσαν τη μανία των Τούρκων.
Αναφέρεται ότι ο μεγάλος φιλέλληνας λόρδος Βύρων, επισκέφθηκε τη Μονή Σκριπούς και εντυπωσιάστηκε πάρα πολύ από τον τότε ηγούμενο. Πρόκειται για τον ηγούμενο Νικηφόρο, πολύ μορφωμένο άνθρωπο με ευρύτητα πνεύματος και μεγάλη ακτινοβολία, ο οποίος πρόσφερε πάρα πολλά στον αγώνα του επαναστατημένου γένους, ιδιαίτερα μετά την καταστροφή της μονής.
Στα χρόνια της επανάστασης ζούσαν στο μοναστήρι 60 μοναχοί (κατά τους περιηγητές Πουκεβίλ και Λικ). Επειδή οι μοναχοί βοηθούσαν τους οπλαρχηγούς της Ρούμελης, ο πασάς της Λιβαδειάς έκανε επιδρομή στο μοναστήρι, σκότωσε πολλούς μοναχούς και έβαλε φωτιά στο μοναστήρι και στην εκκλησία. Μάλιστα, φαίνεται ότι από την υπερβολική θερμοκρασία έπεσαν πολλοί σοβάδες στην εκκλησία και καταστράφηκαν οι περισσότερες τοιχογραφίες. Όσοι μοναχοί γλίτωσαν από το σπαθί των Τούρκων, εγκατέλειψαν την περιοχή και με τον ηγούμενο Νικηφόρο έφτασαν στο μοναστήρι της Αγίας Ελεούσας στην περιοχή του Βαρθολομιού της Ηλείας, όπου εγκαταβίωσαν.
Εκεί ο ηγούμενος της Σκριπούς Νικηφόρος ανέπτυξε πολύ μεγάλη δράση βοηθώντας τους οπλαρχηγούς του Μοριά. Ο ίδιος πήρε μέρος σε πολλές μάχες και περιγράφεται σαν ένας άνθρωπος που ήτανε πολύ μορφωμένος, έξυπνος, πεισματάρης, άλλα και που αγαπούσε πάρα πολύ την πατρίδα. Μάλιστα αναφέρεται ότι πολλές φορές δεν μπορούσαν οι σύγχρονοί του να καταλάβουν αν αυτός ο καλόγερος αγαπούσε πιο πολύ την πίστη του ή την πατρίδα του.
Μετά την απελευθέρωση ορισμένοι μοναχοί γύρισαν στο μοναστήρι, ενώ άλλοι, όπως και ο ηγούμενος Νικηφόρος αποφάσισαν να μείνουν στο Μοριά. Καθήκοντα ηγουμένου ανέλαβε ο Δαμασκηνός, ο οποίος επισκέφθηκε στην Ηλεία, τον πρώην ηγούμενο Νικηφόρο για να παραλάβει τα άγια λείψανα και τα κειμήλια της Μονής, τα οποία είχαν πάρει μαζί τους οι μοναχοί.
Στα χρόνια της Βαυαροκρατίας επισκέφθηκε το μοναστήρι ο τότε βασιλιάς της Ελλάδα Όθωνας. Η επίσκεψη αυτή δείχνει ότι και μετά την απελευθέρωση το μοναστήρι διατηρούσε την αίγλη και τη φήμη του.
Στο μοναστήρι της Σκριπούς φιλοξενήθηκε και ο μεγάλος Γερμανός αρχαιολόγος Ερρίκος Σλήμαν, ο οποίος αναφέρεται με πολύ κολακευτικά λόγια στον Ηγούμενο του μοναστηριού Θεοδόσιο, στα χρόνια του οποίου, σχετικές επιγραφές αναφέρουν ότι έγιναν σημαντικά έργα στο χώρο της Μονής. Χαρακτηριστικά αναφέρει: «Φιλοξενή-θηκα στο Μοναστήρι της Παναγίας της Σκριπούς και κάθε απόγευμα, πίναμε τον καφέ μας μαζί με τον αγαθό ηγούμενο Θεοδόσιο, κάτω από το μεγάλο κυπαρίσσι το οποίο βρίσκεται κοντά στην είσοδο της Παναγίας». Πρόκειται για το ίδιο κυπαρίσσι που σώζεται στον προαύλιο χώρο της Παναγίας μέχρι και σήμερα.
Στα χρόνια που ακολούθησαν το μοναστήρι έγινε μετόχι της Μονής του Οσίου Σεραφείμ Δομβούς. Μετά την απαλλοτρίωση των κτημάτων η τοπική εκκλησιαστική αρχή, ο Μητροπολίτης Θηβών και Λεβαδείας, αποφάσισε να παραχωρηθεί ο ναός της Παναγίας στους ενορίτες της κοινότητας Σκριπούς και έτσι η Παναγία έγινε ενοριακός ναός της Σκριπούς.
Τότε οι τελευταίοι μοναχοί αποχώρησαν από τον Ορχομενό για την μονή του Οσίου Σεραφείμ Δομβούς, παίρνοντας μαζί τους όλα τα άγια λείψανα, τα ιερά κειμήλια και πολλές εικόνες, που σήμερα βρίσκονται στην μονή του Οσίου Σεραφείμ. Στην εκκλησία της Παναγίας έμειναν μόνο δύο αντικείμενα. Το πρώτο είναι μια μικρή εικόνα της Κοιμήσεως, η εφέστια όπως θα λέγαμε εικόνα του ναού. Το δεύτερο κειμήλιο είναι ένα χρυσό δισκοπότηρο, το οποίο για λόγους ασφαλείας φυλάσσεται εκτός ναού. Στα πρώτα χρόνια λειτουργίας της εκκλησίας ως ενοριακού ναού και συγκεκριμένα το 1894 έγινε ένας μεγάλος σεισμός από τον οποίο η εκκλησία έπαθε πάρα πολλές ζημιές. Δημιουργήθηκαν πολλές ρωγμές, ιδίως στην οροφή, και ένα μέρος από τον τρούλο κατέρρευσε. Η εκκλησία, μετά το σεισμό, εγκαταλείφθηκε. Λειτουργούσε μόνο στις 23 Αυγούστου, που ήτανε η μεγάλη πανήγυρη της Παναγίας, και έμπαιναν μέσα στο ναό μόνο οι πλέον θαρραλέοι, λόγω του φόβου κατάρρευσης. Στα χρόνια που η εκκλησία εγκαταλείφθηκε, οι βροχές και η υγρασία που χαρακτηρίζει την περιοχή, κατέστρεψαν τις περισ-σότερες από τις τοιχογραφίες που είχαν γλιτώσει από τη φωτιά του Τούρκου πασά, αλλά και από το σεισμό.
Η γυναίκα του Ελευθέριου Βενιζέλου, Έλενα σε μια επίσκεψή της στην περιοχή πέρασε και από την Παναγία της Σκριπούς. Εντυπωσιάστηκε τόσο πολύ από την εγκαταλελειμμένη και τραυματισμένη από το σεισμό εκκλησία που μεσολάβησε στο σύζυγό της για να γίνουν οι απαραίτητες επισκευές.
Έτσι το 1926 η Παναγία κηρύχθηκε ιστορικό διατηρητέο μνημείο και με τη βοήθεια του εφημερίου π. Ιωάννη Λάμπρου και των επιτρόπων Κωνσταντίνου Πετράκου, Κωνσταντίνου Ταμπρατζή, Ιωάννη Μπέσσα, Θεοδώρου Κλαρούδα και Νικολάου Περλεπέ ξεκίνησαν οι επισκευές από τον αείμνηστο Αναστάσιο Ορλάνδο, που ολοκληρώθηκαν το 1939 με το κτίσιμο του νέου καμπαναριού. Ο Αναστάσιος Ορλάνδος χάλασε τις δύο εξωτερικές αντηρίδες, έριξε εσωτερικά τσιμεντένιες κολώνες, γκρέμισε και αναστήλωσε το μισοκατεστραμμένο τρούλο, γκρέμισε το παλιό Ηγουμενείο και έκανε και άλλες επισκευές σε άλλα μέρη του ναού.
Σήμερα πολλοί αρχαιολόγοι υποστηρίζουν ότι κάποιες από τις εργασίες αυτές χάλασαν τον ρυθμό του ναού. Μετά την ολοκλήρωση των εργασιών συντήρησης και αναστήλωσης του ναού, η Παναγία παραδόθηκε και πάλι στους κατοίκους της Σκριπούς και έκτοτε λειτουργεί σαν ενοριακός ναός.
Στα κελιά της Παναγίας κατά καιρούς στεγάστηκαν το Ελληνικό Σχολείο, ταλαιπωρημένες προσφυγικές οικογένειες από τη Μικρά Ασία και τη Θράκη, το πρώτο Γυμνάσιο του Ορχομενού και ο Σταθμός της Χωροφυλακής.
Το ιστορικό αυτό μνημείο εντάχθηκε στο Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης 1994-1999, στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Στερεάς Ελλάδας. Και ενώ ολοκληρωνόταν η αποκάλυψη και η συντήρηση των τοιχογραφιών των ιερών, καθώς και η στερέωση και ο καθαρισμός των γλυπτών του νάρθηκα, τα Χριστούγεννα του 1995 στο ναό εκδηλώθηκε πυρκαγιά, που προκάλεσε σοβαρές ζημιές κυρίως στον πρόναο αλλά και στο ξυλόγλυπτο τέμπλο και σε άλλα αντικείμενα του κυρίως ναού, αλλά και του Άγιου Βήματος.
Το πλέον συγκλονιστικό ήταν οι τάφοι των κτητόρων, που βρέθηκαν στο δεξί τμήμα του πρόναου, αλλά το ακόμα συγκλονιστικότερο ήταν οι τάφοι των μοναχών που σφαγιάστηκαν από τους Τούρκους το 1821. Τους είχαν θάψει οι χριστιανοί ακριβώς έξω από το Άγιο Βήμα και κάτω από τον τρούλο σε ομαδικούς τάφους. Οι τάφοι σκεπάστηκαν και τα οστά παραμένουν στην αρχική τους θέση.
Η τελευταία γιορτή-πανήγυρη του ιερού ναού, που είναι και η επίσημη γιορτή και πανήγυρη, είναι η 10η Σεπτεμβρίου. Είναι η τοπική εορτή του Ορχομενού που οι κάτοικοι της Σκριπούς και Πετρομαγούλας σώθηκαν με τη θαυματουργική επέμβαση της Παναγίας από τα γερμανικά στρατεύματα κατοχής στις 10 Σεπτεμβρίου 1943.