Το Μοναστήρι είναι χτισμένο στην κορυφή ενός λόφου, κοντά στο χωριό Νεοχώρι, 9 περίπου χιλιόμετρα νότια από το κέντρο της πόλης της Χίου.
Ιδρύθηκε από τον ιερέα Νεόφυτο Κουμάνο και τον υιό του ιερέα Μηνά Κουμάνο, μετά την κατάληψη του νησιού από του Τούρκους, μεταξύ των ετών 1572-1595. Με Σιγίλλιο του Πατριάρχου Ιερεμία Β' του Τρανού, η Μονή καθίσταται Σταυροπηγιακή, καθώς οι δύο ιερείς - κτήτορες του Ναού, τον θεμελίωσαν με τμήμα του Τίμιου Σταυρού.
Το Μοναστήρι επανδρώθηκε άμεσα, αρχικά ως Ανδρική Μονή, αρχίζοντας την ανάπτυξή του. Κατά την περίοδο της ακμής του, το Μοναστήρι είχε το Καθολικό, το κωδωνοστάσιο, τη Βιβλιοθήκη, την τράπεζα, τα Κελιά, καθώς και βοηθητικά κτήρια (στέρνες, φούρνοι, αποθήκες και στάβλους). Μάλιστα, το Καθολικό της Μονής του Αγίου Μηνά αποτελεί μίμηση του Καθολικού της Ιεράς Νέας Μονής Χίου, καθώς ανήκει στον τύπο των μονόχωρων οκταγωνικών ναών με τρούλο.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, στη Μονή λειτουργούσε πλούσια Βιβλιοθήκη και Σχολή. Μάλιστα στη Σχολή της Μονής φοίτησαν ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄, ο Μητροπολίτης Χίου Πλάτων Φραγκιάδης, ο λόγιος Δανιήλ Φιλιππίδης και ο Ιεροκήρυκας της Μητροπόλεως Χίου π. Ιάκωβος Μαύρος.
Ένα χρόνο μετά την έναρξη της Ελληνικής Επαναστάσεως, η περίοδος του Πάσχα του 1822, με την άφιξη στο νησί δύναμης Ελλήνων επαναστατών υπό τους Αντώνιο Μπουρνιά και Λυκούργο Λογοθέτη, εξαγριώθηκαν οι Τουρκικές Αρχές και τη Μεγάλη Πέμπτη 30 Μαρτίου 1822 καταπλέει ο τουρκικός στόλος και αμέσως άρχισε η σφαγή των κατοίκων, οι λεηλασίες και η πυρπόληση της πόλης της Χίου.
Οι κάτοικοι της πόλης ξεκίνησαν αμέσως να μετακινούνται προς τα χωριά, την ύπαιθρο και τα Μοναστήρια του νησιού, μεταξύ των οποίων και το Μοναστήρι του Αγίου Μηνά, όπου κατέφυγαν περίπου 3000 άοπλοι κάτοικοι. Κατά την Αναστάσιμη Θεία Λειτουργία της 2ας Απριλίου 1822 όπου λειτουργούσε ο Ιεροκήρυκας της Ιεράς Μητροπόλεως Χίου π. Ιάκωβος Μαύρος, οι Τούρκοι επιτέθηκαν στο Μοναστήρι. Παρά την αρχική αντίσταση και θανάτωση αρκετών Οθωμανών πολιορκητών από των οπλισμένων υπό τις οδηγίες των Ιωάννη Φατούρου και Κωνσταντίνου Μονογιού, δεν τα κατάφεραν.
Οι οχυρωμένοι χριστιανοί προσπάθησαν να εισέλθουν στο Καθολικό της Μονής, ενώ όσοι δεν πρόλαβαν, σφαγιάστηκαν από τους Τούρκους. Όσοι είχαν κλειστεί εντός του Καθολικού της Μονής, κάηκαν ζωντανοί και μάλιστα εμφανίζονται στο δάπεδο σχηματισμοί αίματος και κρανίων. Τον Ηγούμενο της Μονής Θεοδόσιο Λουφάκη τον σκότωσαν αμέσως και τον Ιεροκήρυκα της Μητροπόλεως τον ανασκολώπησαν στο Κοντάρι της Αναστάσεως.
Γυναίκες με βρέφη και παιδιά, προσπάθησαν να κρυφτούν σε στεγνή φουντάνα στο πίσω μέρος της Μονής, αλλά προδόθηκαν από τα κλάματα των βρεφών και οι Τούρκοι του πέταξαν αναμμένα στουπιά και τους έκαψαν όλους ζωντανούς.
Μετά τους καταστροφικούς σεισμούς του 1881, καταστράφηκαν τα περισσότερα από τα κτίσματα της Μονής, μεταξύ τον οποίων και το Καθολικού του Αγίου Μηνά. Οι επισκευές των κτηρίων του Μοναστηριού τελείωσαν το 1892. Ξαναχτίστηκαν οι περιμετρικοί τοίχοι της εκκλησίας πάνω στα υπολείμματα των παλαιών, το Ιερό αναμορφώθηκε, ενώ το βοτσαλωτό πλακόστρωτο διατηρήθηκε απείραχτο. Το Μοναστήρι περνάει μια περίοδο μακράς κρίσης, με λίγους μοναχούς και πολλά οικονομικά χρέη ώστε να μπορέσουν να αποκατασταθούν τα κτήρια της Μονής.
Το 1932, η Μονή μετατρέπεται σε Γυναικεία και έκτοτε λειτουργεί έτσι. Οι τελευταίες προσπάθειες ανακαίνισης του Μοναστηριού ολοκληρώνονται περί το 1950, οπότε και διαμορφώνεται το Καθολικό με τη σημερινή του μορφή, σε ύφος μεταβυζαντινής τεχνικής.
Στον Προαύλιο χώρο της Μονής υπάρχει το ναΰδριο των Αγίων Τεσσαράκοντα Μαρτύρων, στο οποίο βρίσκεται και το Ιερό Οστεοφυλάκιο της Μονής με τα οστά πολλών θυμάτων από τα περίπου 2000 της Σφαγής και το ένα φύλλο της παλιάς Κεντρικής Εισόδου του Μοναστηριού.