Γενικευμένο αντάρτικο έχει προκαλέσει η απόφαση της κυβέρνησης να κλείσει τους ναούς έως τις 11 Ιανουαρίου. Μετά την Εκκλησία της Ελλάδος και η Εκκλησία της Κρήτης του κλίματος του Πατριαρχείου εκφράζει με έντονο τρόπο τη διαφωνία της για το κλείσιμο των ναών τα Θεοφάνεια τονίζοντας.
'Οπως αναφέρεται σε ανακοίνωση που εξέδωσε οι Ιεροί Ναοί στην Κρήτη θα λειτουργήσουν την ημέρα των Θεοφανείων, τηρουμένων των μέτρων, όπως ακριβώς τα Χριστούγεννα (25 πρόσωπα στους μικρούς Ι. Ναούς και 50 πρόσωπα στους Μητροπολιτικούς και Καθεδρικούς Ι. Ναούς και σύμφωνα με τα τετραγωνικά μέτρα που προβλέπει η προηγούμενη Κ.Υ.Α.).
Σε ανακοίνωση που εξέδωσε η Σύνοδος της Εκκλησίας της Κρήτης εκφράζει τη δυσαρέσκεια και τη θλίψη Της για την αιφνίδια ανατροπή αυτών που νομοθέτησε η ίδια η Ελληνική Πολιτεία επισημαίνοντας οτι ¨"συντάχθηκε, καθ᾽ όλο αυτό το διάστημα, με τα μέτρα της Πολιτείας, με γνώμονα και κριτήριο τη διαφύλαξη του αγαθού της υγείας και την αποφυγή της διασποράς της πανδημίας, κατηγορούμενη μάλιστα, από διάφορα πρόσωπα ότι αρνήθηκε την ευθύνη και την αποστολή Της, κάνοντας υπερβολικές «παραχωρήσεις».
Ετσι , όπως τονίζεται "η Εκκλησία της Κρήτης αδυνατεί να αποδεχθεί την απαγόρευση της Πολιτείας, σχετικά προς τη στέρηση της συμμετοχής των πιστών στη Θεία Λειτουργία της Εορτής των Θεοφανείων και για το λόγο αυτό στην Ιερά Αρχιεπισκοπή Κρήτης και στις Ιερές Μητροπόλεις της Εκκλησίας Κρήτης, οι Ιεροί Ναοί θα λειτουργήσουν την ημέρα των Θεοφανείων, τηρουμένων των μέτρων, όπως ακριβώς τα Χριστούγεννα (25 πρόσωπα στους μικρούς Ι. Ναούς και 50 πρόσωπα στους Μητροπολιτικούς και Καθεδρικούς Ι. Ναούς και σύμφωνα με τα τετραγωνικά μέτρα που προβλέπει η Κ.Υ.Α.). Η Εκκλησία της Κρήτης, θα διασφαλίσει με υπευθυνότητα, όπως έπραξε μέχρι σήμερα, την τήρηση των μέτρων και κατά τη μεγάλη αυτή Εορτή"
Στο μεταξύ ανακοίνωση κατά της απόφασης της Εκκλησίας της Ελλάδος η οποία ζητά να επιτραπεί η παρουσία των πιστών στους ναούς εξέδωσε το ΚΙΝ.ΑΛ το οποίο κατηγορεί τη Σύνοδο για αδιανόητη απόφαση:
«Είναι αδιανόητο όταν οι πολίτες υποχρεώνονται σε ένα σκληρό lockdown, η Ιερά Σύνοδος να ζητά εξαιρέσεις. Θέτοντας σε κίνδυνο την δημόσια υγεία. Εκεί οδηγούν οι υποχωρήσεις και η ενδοτικότητα της Κυβέρνησης και η απουσία σχεδίου για ασφαλές άνοιγμα», αναφέρει.