Τρία χρόνια μετά την μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τζαμί, η τουρκική κυβέρνηση αποφάσισε να προχωρήσει σε έργα αποκατάστασης. Το μνημείο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO, επί τρία χρόνια τώρα είχε υποστεί ζημιές από τα εκατομμύρια των μουσουλμάνων επισκεπτών –προσκυνητων τις οποίες δεν έκρυψε ούτε ο τουρκικός τύπος , ενώ η διεθνής κοινότητα επιχείρησςε πολλές φορές να παρέμβει χωρίς αυτό να καταστεί δυνατό.Ωστόσο, μπροστά στη διεθνή κατακραυγή η κυβέρνηση Ερντογάν η τουρκική κυβέρνηση σπεύδει να προχωρήσει σε έργα αποκατάστασης. Οι ζημιές είναι αποφάσισε να λάβει μέτρα.
Σύμφωνα με το αρχικό σχέδιο θα γίνουν έργα ενίσχυσης της στατικότητας της Αγίας Σοφίας.Πρώτα θα γίνει καθαρισμός του τσιμεντοκονιάματος, θα αφαιρεθούν οι γερασμένες μολύβδινες επιφάνειες στους θόλους και θα πραγματοποιηθούν εργασίες για την αποκατάσταση των ρωγμών και των σχισμών κάτω από τον θόλο. Στη συνέχεια θα επισκευαστεί και θα τοποθετηθεί στη θέση του το μολύβδινο κάλυμμα.
Επίσης θα αποσυναρμολογηθεί ο πρώτος μιναρές, ο επονομαζόμενος μιναρές του Βαγιαζίτ και, αφού ολοκληρωθούν οι επισκευές, θα τοποθετηθεί ξανά στη θέση του. Στους άλλους μιναρέδες, συνεχίζεται η μελέτη για τη στατική τους κατάσταση.
Το πρόβλημα με τις εκτεταμένες φθορές άρχισε να κοινοποιείται εδώ και ένα χρόνο όπου Τούρκοι αρχαιολόγοι, ιστορικοί, θεολόγοι, διαπίστωσαν α ρωγμές στο δάπεδο της Αγίας Σοφίας, και για καταστροφές στις θύρες του. Η εφημερίδα Cumhuriyet, με σειρά από δημοσιεύματα ,επισήμανε ότι η Αγία Σοφία είχε υποστεί φθορές και ζημιές, ιδιαιτέρως από την ημέρα της μετατροπής της σε μουσουλμανικό τέμενος και έπειτα, καθώς κάθε μήνα την επισκέπτονται ένα εκατομμύριο μουσουλμάνοι.
Για ρωγμές στο δάπεδο πρώτοι μίλησαν ο ο Θεολόγος καθηγητής Şahin Filiz και ο Ιστορικός τέχνης Yasin Saygılı έκαναν λόγο για ρωγμές στο δάπεδο του μνημείου και για καταστροφές στις θύρες αυτού, τονίζοντας ότι ήταν λάθος η μετατροπή του. Ο κ. Saygılı μίλησε, επίσης, για «μια ανεξέλεγκτη και συνεχή ροή επισκεπτών», τονίζοντας ότι «τέτοιες επισκέψεις προκαλούν καταστροφές».
Μάλιστα ο αρχαιολόγος Ömer Faruk Yavaşçay είχε αναρτήσει σχετικό βίντεο στα social media, γράφοντας χαρακτηριστικά: «Σήμερα συνάντησα ένα ακόμα πολύ θλιβερό θέαμα για το τζαμί #Αγία Σοφία και την ιστορία μας. Δυστυχώς πάλι, εντόπισα φθορές και στις δύο πλευρές της πόρτας ακριβώς κάτω από το ψηφιδωτό των αυτοκρατόρων. Τράβηξα φωτογραφίες και βίντεο για να τεκμηριώσω αυτήν την κατάσταση».
Χαρακτηριστικό της επιπολαιότητας του προσωπικού της Αγιασοφιάς είναι η καταγγελία της ξεναγού Özlem Kabasakal, στην Cumhuriyet, ότι έχουν σπάσει και τα ιστορικά μάρμαρα του δαπέδου εξαιτίας μηχανήματος καθαρισμού μεγάλου βάρους.
Σύμφωνα με το Ope .gr σε αρθρο της η εφημερίδα Μπιργκιούν, αναφέρει ότι «συνεχίζονται ασταμάτητα τα σκάνδαλα στην Αγία Σοφία, η οποία από μουσείο έχει μετατραπεί σε τζαμί. Ενώ ο ισχυρισμός ότι κομμάτια αφαιρέθηκαν από την ιστορική θύρα και «φαγώθηκαν» στην 1.500 ετών Αγία Σοφία παραμένει στην ημερήσια διάταξη, τώρα υποστηρίζεται ότι οι επισκέπτες ξύνουν τους τοίχους και βάζουν τα τρίμματα σε σακούλες». ανέφερε το δημοσίευμα που αναδημοσιεύεται από το ertnews.gr.
Ιδιαίτερα επικριτικός ήταν ο Πρόεδρος της Ένωσης Ιστορίας της Τέχνης (STD) Σερίφ Γιασάρ,ο οποίος κατήγγειλε την κυβέρνηση για αργοπορία στη λήψη μέτρων: «Περιμέναμε να ληφθούν μέτρα, αλλά δεν έγινε καμία ενέργεια. Αρχίσαμε να περιοδεύουμε το χώρο και αρχίσαμε να βλέπουμε νέες καταστροφές. Ένας επισκέπτης με μια τσάντα μαζεύει κομμάτια από τον τοίχο. Η στήλη που στηρίζει την Αγία Σοφία είναι γεμάτη με εκατοντάδες επιγραφές. Οι επισκέπτες έγραψαν τα ονόματά τους στους τοίχους, ζωγράφισαν καρδιές…»
Σύμφωνα με παλαιότερες καταγγελίες φθορές έχουν υποστεί κ η Aυτοκρατορική πύλη και οι τοίχοι. Μάλιστα είχαν φωτογραφηθεί γυναίκες να ξύνουν τοίχους και να παίρνουν κομμάτια στις τσάντες τους ως ενθύμιο ή φυλαχτό.
Μετά από καταγγελία στην Εταιρεία Ιστορίας Τέχνης, επιστήμονες Ιστορικοί Τέχνης μετέβησαν στην περιοχή όπου βρίσκεται η ιστορική πύλη, φωτογράφισαν το σημείο που δείχνει ότι έχει υποστεί φθορές και μοιράστηκαν τη φωτογραφία στα κοινωνικά μέσα.
Η Αγία Σοφία έχει εγγραφεί στον κατάλογο των μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς το 1985, ως σύνολο, μέσα στις ιστορικές περιοχές της Κωνσταντινούπολης. Μετετράπη σε μουσείο το 1934 με διάταγμα το οποίο υπέγραψε ο Κεμάλ Ατατούρκ. Η αλλαγή καθεστώτος της σε τζαμί έγινε με απόφαση του Τούρκου Προέδρου Ρετζέπ Ταγίπ Ερντογάν στις 14 Ιουλίου του 2020, κάτι που αποτέλεσε μια πολιτική κίνηση, η οποία καταδικάστηκε διεθνώς και από διεθνή όργανα του Πολιτισμού, όπως το ICOM (διεθνές συμβούλιο μουσείων) και το ICOMOS (Διεθνές Συμβούλιο Μνημείων και Τοποθεσιών).