Στις 2 Ιουνίου 1941, και ενώ έχει τελειώσει η Μάχη της Κρήτης, επίλεκτοι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές εκτελούν τους άνδρες στο χωριό Κοντομαρί Χανίων, σε μικρή απόσταση από τον Πλατανιά και το Μάλεμε, ο ακριβής αριθμός των οποίων ακόμα δεν έχει επιβεβαιωθεί. Στις επίσημες αναφορές τους οι Γερμανοί τους καθορίζουν ως 23, ενώ άλλες πηγές σε 60.
Η διαφορά αυτή μπορεί να έγκειται στο ότι οι μεν Γερμανοί αναφέρονται αποκλειστικώς στους εκτελεσθέντες ομαδικώς σε ένα συγκεκριμένο χωράφι έξω από το χωριό, ενώ οι άλλοι να αναφέρονται στις συνολικές απώλειες/εκτελέσεις αμάχων σε διάφορα σημεία μεμονωμένα. Οι εκτελέσεις αυτές πραγματοποιήθηκαν ως αντίποινα για τη συμμετοχή τού ντόπιου πληθυσμού στη Μάχη της Κρήτης (20 Μαΐου - 31 Μαΐου 1941).
Η σφαγή στο Κοντομαρί ήταν η πρώτη από μία σειρά αντιποίνων που έγιναν στην Κρήτη από τα γερμανικά στρατεύματα κατοχής, ως αντίποινα για τη συμμετοχή πολιτών στη Μάχη της Κρήτης, που δεν είχαν κάποια διασύνδεση με το Στρατό (π.χ. Πολιτοφυλακή, ώστε να είναι νόμιμα εξοπλισμένοι), καθώς η Συνθήκη της Γενεύης απαγόρευε την εμπλοκή πολιτών σε μάχες, καθώς και το ότι πλήθος Γερμανών στρατιωτών βρέθηκαν ακρωτηριασμένοι, έχοντας υποστεί εμφανή τραύματα βασανισμού αλλά και ακραία προσβλητική συμπεριφορά ως νεκροί.
Στις 20 Μαΐου 1941, με την έναρξη της αεραποβατικής εισβολής των Γερμανών αλεξιπτωτιστών στην Κύπρο, οι άνδρες του 3ου Τάγματος του 1ου Συντάγματος Αλεξιπτωτιστών της Λουφτβάφφε (=Γερμανική Αεροπορία), που ανήκαν, προσγειώθηκαν στα νοτιοανατολικά του αεροδρομίου του Μάλεμε, όπου και αντιμετωπίστηκαν από άνδρες του Νεοζηλανδικού στρατού (21ο και 22ο Τάγματα) και από ντόπιους πολίτες, οι οποίοι τους αντιμετώπισαν με κάθε διαθέσιμο όπλο, από παλαιούς «γκράδες» του 19ου αιώνος, και κυνηγητικά, μέχρι μαχαίρια και γεωργικά εργαλεία. Λόγω της πείσμωνος αντιστάσεως οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές υπέστησαν μεγάλες απώλειες, που υπολογίζονταν περί τους 600 άνδρες επί συνόλου περίπου 1000, μεταξύ των οποίων και τον Διοικητή τους Ταγματάρχη Όττο Σέρμπερ. Ο Διοικητής του 1ου Συντάγματος Αλεξιπτωτιστών Όιγκεν Μάιντλ, δέχθηκε πυροβολισμούς στο στήθος κατά την πτώση του με το αλεξίπτωτο στη γέφυρα του Πλατανιά, τέθηκε εκτός μάχης λόγω της σοβαρότητος των τραυμάτων του, αλλά επιβίωσε, αντικατασταθείς άμεσα από τον Συνταγματάρχη Χέρμαν-Μπέρναρντ Ράμκε.
Η ίδια αντίσταση ήταν και σε άλλα σημεία του νησιού, με αποτέλεσμα και εκεί οι γερμανικές απώλειες, ειδικώς σε αλεξιπτωτιστές, να είναι υπέρμετρα υψηλές. Το γεγονός αυτό έγινε γνωστό στον επικεφαλής της Λουφτβάφφε Χέρμαν Γκαίρινγκ ο οποίος διέταξε τον επικεφαλής του Σώματος των Αλεξιπτωτιστών, Πτέραρχος Κουρτ Στούντεντ, να πραγματοποιήσει άμεσα ανακρίσεις και αντίποινα, αν και όπου κρινόταν απαραίτητο.
Ήδη διαρκούσης της Μάχης, οι αναφορές του Υποστρατήγου Γιούλιους Ρίγκελ, διοικητή της 5ης Μεραρχίας Ορεινών Κυνηγών, του Στρατού Ξηράς, που μαζί με την 7η Μεραρχία Αλεξιπτωτιστών της Λουφτβάφφε, συμμετείχαν στην επιχείρηση, έκαναν λόγο για επίθεση με μαχαίρια, τσεκούρια και δρεπάνια εναντίον των αλεξιπτωτιστών, ενώ ακόμα και πριν τη λήξη της μάχης κυκλοφορούσαν αναπόδεικτες και υπερβολικές ιστορίες από γερμανικής πλευράς, που απέδιδαν τις πολύ υψηλές απώλειες των Γερμανών αλεξιπτωτιστών «στα βασανιστήρια και τους ακρωτηριασμούς που τους υπέβαλλαν οι Κρητικοί», συμφώνως με τα όσα υποστήριζαν.
Ανεξαρτήτως του γεγονότος ότι οι Κρητικοί άμαχοι θα μπορούσαν να είχαν οργανωθεί είτε από την Ελληνική Πολιτεία είτε από τη Βρετανική Διοίκηση της μάχης, που ουσιαστικώς επί επτάμηνο βρισκόταν στο νησί έχοντας αναλάβει εν λευκώ την άμυνά του, εντούτοις τελικώς δεν έγινε απολύτως τίποτα προς την κατεύθυνση αυτή, γεγονός που ίσως αποτέλεσε μία σοβαρή πηγή γενικότερων προβλημάτων σε καθαρώς επιχειρησιακό επίπεδο, καθώς η άμυνα του νησιού θα μπορούσε να ήταν πολύ πιο αποτελεσματική.
Στην πραγματικότητα, είναι γνωστό, τουλάχιστον σε ιατρικό/ιατροδικαστικό επίπεδο, ότι οι βολές από τους «γκράδες» προκαλούσαν εκτεταμένα τραύματα, καθώς οι μολύβδινες βολίδες τους δεν έφεραν μεταλλική επικάλυψη, ενώ οι βαρείς τραυματισμοί οφείλονταν και στα γεωργικά εργαλεία των Κρητών. «Οι περιορισμένοι αριθμητικώς ακρωτηριασμοί αυτιών νεκρών, δε συνάδουν με την ιδιοσυγκρασία των Κρητών, αλλά όπως και οι ακρωτηριασμοί γεννητικών οργάνων και η τοποθέτησή των στα στόματα νεκρών Γερμανών, ήταν μέρος του φρικώδους τελετουργικού των Μαορί, που πολέμησαν στη Μάχη της Κρήτης ως επίλεκτες μονάδες των Αυστραλιανών και Νεοζηλανδικών δυνάμεων. Μία ακόμη ερμηνεία της παραμόρφωσης των πτωμάτων των Γερμάνων έχει να κάνει με τα όρνεα και την αποσύνθεσή τους, εξαιτίας του έντονου καύσωνα της περιόδου και των άταφων πτωμάτων. Την τελευταία ερμηνεία υποστηρίζει και ιατροδικαστική έκθεση της εγκληματολογικής υπηρεσίας του Βερολίνου» (wikipidia.org). αυτό περί των Μαορί και των πολεμικών τους εθίμων, που «απεικονίζονται» και στον πολεμικό τους χορό, τον «Χάκα», σήμερα θεωρείται «φοκλορ» και μάλιστα εκτελείται πριν από όλους τους αγώνες νεοζηλανδικών εθνικών ομάδων σε όλα τα αθλήματα. Τότε όμως άλλοι εκτός Κοινοπολιτείας δεν γνώριζαν αυτές τις ιδιαιτερότητες, πολύ περισσότερο νεαροί 20άρηδες αλεξιπτωτιστές, μέσα στο βρασμό της μάχης και έχοντας υποστεί τόσες βαριές απώλειες.
Με αυτά δεν γίνεται προσπάθεια να εξηγηθεί η αδιαμφισβήτητη ομαδική σφαγή στο Κοντομαρί, στη Κάνδανο και αλλού στην Κρήτη, το αμέσως μετά τη Μάχη χρονικό διάστημα από τους Γερμανούς αλεξιπτωτιστές.
Αυτό που επιχειρείται να εξηγηθεί είναι το «γιατί» ενήργησαν έτσι οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές οι οποίοι παντού όπου πολέμησαν τόσο πριν τη Μάχη της Κρήτης, όσο και στο υπόλοιπο του πολέμου (Νορβηγία, Κάτω Χώρες, ως αλεξιπτωτιστές και Σοβιετική Ένωση, Βόρειος Αφρική, Τυνησία, Νορμανδία, Δυτ.Ευρώπη, Γερμανία ως απλό επίλεκτο πεζικό) διακρίθηκαν ως σκληροί πολεμιστές αλλά με μηδενικό δείκτη ομαδικών εγκλημάτων έναντι αμάχων, όπως π.χ. τα Ες-Ες. Γιατί λοιπόν οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές έδρασαν έτσι στην Κρήτη και μόνο στην Κρήτη;
Στις 31 Μαΐου, ο Στούντεντ εξέδωσε αμέσως διαταγή, με την οποία οι στρατιωτικές μονάδες που ενεπλάκησαν σε μάχες με πολίτες όφειλαν να ενεργήσουν τα αντίποινα. Αυτό ήταν ίσως και το μέγιστο λάθος του Στούντεντ. Δεν είναι δυνατόν τέτοιες περιπτώσεις να μην εξετάζονται από δικαστήριο έστω και στρατοδικείο όπου θα γίνει μια έκθεση επιχειρημάτων και αποδείξεων, αλλά το ρόλο δικαστή και εκτελεστή να αναλαμβάνει στρατιωτική μονάδα και μάλιστα η μονάδα που έχει υποστεί τις απώλειες και το «αίμα ζητά εκδίκηση» και επομένως δεν υπάρχει νηφαλιότητα και μία κάποια αποστασιοποίηση. Το άλλο επίσης πολύ σοβαρό λάθος του ήταν το ότι για να εκδώσει αυτή τη διαταγή δεν περίμενε τα αποτελέσματα των ερευνών και των ιατροδικαστικών εκθέσεων που είχαν διατάξει οι ανώτεροί του, τόσο η Βέρμαχτ, όσο και η Λουφτβάφφε.
Συμφώνως με την προαναφερθείσα διαταγή του Στούντεντ, ο Υπολοχαγός Χορστ Τρέμπες, ο μόνος αξιωματικός του τάγματός του που δεν είχε σκοτωθεί ή τραυματιστεί στη Μάχη, με τους εναπομείναντες άνδρες του 3ου Τάγματος Αλεξιπτωτιστών κατευθύνθηκε προς στο Κοντομαρί, πλησίον του οποίου είχαν βρεθεί τα πτώματα κάποιων συμπολεμιστών τους.
Οι Γερμανοί, αμέσως μετά την άφιξή τους, διεξήγαγαν εξονυχιστικούς ελέγχους στα σπίτια του χωριού. Όταν σε ένα από τα σπίτια εντοπίστηκε το τρυπημένο από σφαίρα χιτώνιο Γερμανού αλεξιπτωτιστή, τα πνεύματα οξύνθηκαν και το σπίτι πυρπολήθηκε έπειτα από σχετική διαταγή του 25χρονου Τρέμπες. Ακολούθως διέταξε να συγκεντρωθούν οι κάτοικοι του χωριού και αφού απελευθερώθηκαν αμέσως τα γυναικόπαιδα, πήραν τους περισσότερους από τους άνδρες του χωριού, τους οδήγησαν σε ένα ελαιώνα έξω από το χωριό και τους εκτέλεσαν. Ο αριθμός των εκτελεσθέντων ποικίλλει, ως προελέχθη, από 23 έως 60.
Αξίζει να σημειωθεί ότι τη σφαγή στο Κοντομαρί, την πρώτη σφαγή αμάχων πολιτών στην Ευρώπη στη διάρκεια του Β’ ΠΠ, αποτύπωσε με τον φωτογραφικό του φακό ο Φραντς - Πέτερ Βάϊξλερ, ο οποίος υπηρετούσε ως στρατιωτικός φωτογράφος, στο τμήμα προπαγάνδας της Βέρμαχτ.
Λίγους μήνες αργότερα, ο Βάϊξλερ κατηγορήθηκε για εσχάτη προδοσία, επειδή βοήθησε κάποιους Κρητικούς να αποδράσουν και δημοσιοποίησε κάποιες από τις φωτογραφίες που τράβηξε στο Κοντομαρί, πέρασε από στρατοδικείο στις αρχές του 1944, απολύθηκε από τον στρατό και κλείστηκε σε στρατόπεδο συγκεντρώσεως πολιτικών κρατουμένων.
Μεταπολεμικώς κατέθεσε στη δίκη της Νυρεμβέργης ως μάρτυρας κατηγορίας κατά του Χέρμαν Γκέριγκ και το 1955 επισκέφθηκε το μαρτυρικό χωριό, όπου του επιφυλάχθηκε καλή υποδοχή από τους κατοίκους. Λέγεται μάλιστα ότι όταν στο καφενείο του χωριού και αφού τον είχαν κεράσει κατά τα τοπικά έθιμα της φιλοξενίας, τους αποκάλυψε ποιος ήταν, τότε οι κάτοικοι σηκώθηκαν και έφυγαν όλοι λέγοντας: «τα έθιμα της φιλοξενίας τηρήθηκαν, τώρα όμως έπρεπε να πάνε στα σπίτια τους». Ουδείς πείραξε τον Βάϊξλερ (ντοκιμαντέρ «Κοντομαρί Χανίων - Η πρώτη εκτέλεση αμάχων στην Ευρώπη» για την εκπομπή «Μηχανή του Χρόνου»).
Το πολύτιμο φωτογραφικό υλικό του Βάϊξλερ από τη γερμανική θηριωδία στο Κοντομαρί, παρέμεινε κάπου ξεχασμένο στα Ομοσπονδιακά Αρχεία της τότε Δυτικής Γερμανίας ως το 1980, οπότε ανακαλύφθηκε, μετά από 39 χρόνια, από τον δημοσιογράφο Βάσο Μαθιόπουλο. Ο συσχετισμός όμως των συγκεκριμένων γνωστών σήμερα φωτογραφιών, με τη σφαγή στο Κοντομαρί, που τότε δεν έφεραν τίτλο ή ένδειξη του από που προέρχονταν, πραγματοποιήθηκε από έναν άλλο σπουδαίο δημοσιογράφο και Δάσκαλο, τον δημοσιογράφο Κώστα Παπαπέτρου, ο οποίος σε ένα πολύμηνο οδοιπορικό μηνών σε όλα τα ματωμένα χώματα της Κρήτης και περνώντας από καφενείο σε καφενείο, ρωτούσε τους κατοίκους αν γνωρίζουν τα μέρη ή τους εκτελεσθέντες, μέχρι που βρήκε την αλήθεια στο Κοντομαρί.
Από τη σφαγή διασώθηκαν δύο άνδρες. Οι Γαλάνης και Βλαζάκης κατόρθωσαν να ξεφύγουν από τον καταιγισμό πυρών. Ο Γαλάνης με διαμπερές τραύμα στον πνεύμονα κατάφερε να κρυφτεί σε κοντινά ψηλά χόρτα να περάσει εκεί όλο το βράδυ, και τελικώς κατάφερε να διαφύγει. Ο Βλαζάκης, με ακατάσχετη αιμορραγία από πολύ σοβαρά τραύματα, κατέφυγε στο σπίτι του για να τα επιδέσει. Οι Γερμανοί όμως ακολουθώντας τα ίχνη του αίματος τον καταδίωξαν, τον εντόπισαν και τον εκτέλεσαν, ενώ προσπαθούσε αν και τραυματισμένος να διαφύγει από το σπίτι του αδελφού του.
Τον Ιούλιο του 1941 ο Υπολοχαγός Χόρστ Τρέμπες παρασημοφορήθηκε με το Σταυρό των Ιπποτών του Σιδηρού Σταυρού, μαζί με άλλους διακριθέντες στη Μάχη της Κρήτης. Το 1944, σκοτώθηκε πολεμώντας με άλλους Γερμανούς αλεξιπτωτιστές στη Νορμανδία, μετά την εκεί συμμαχική απόβαση.